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万見
- PDB-5f1q: Crystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1q
タイトルCrystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from Yersinia pestis
要素Periplasmic dipeptide transport protein
キーワードHYDROLASE / alpha-beta fold / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 ...: / Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Periplasmic dipeptide transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.956 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic dipeptide transport protein
B: Periplasmic dipeptide transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,89623
ポリマ－124,2352
非ポリマー1,66121
水8,683482
1
A: Periplasmic dipeptide transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,95411
ポリマ－62,1181
非ポリマー83610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Periplasmic dipeptide transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,94212
ポリマ－62,1181
非ポリマー82411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)289.290, 59.745, 80.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-707-

HOH

21B-894-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic dipeptide transport protein


分子量: 62117.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: Nepal516 / 遺伝子: YPN_3652 / プラスミド: pMCSG28 / 詳細 (発現宿主): C-terminal His6 tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YM47

-
非ポリマー , 6種, 503分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.2, 40:5(v/v) PEG 600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 93243 / Num. obs: 93243 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.04 Å2 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 7.98
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化解像度: 1.956→28.311 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 4439 5.03 %random
Rwork0.1656 ---
obs0.1674 88295 91.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.956→28.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8142 0 105 482 8729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13111622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0483239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.956-1.97840.233890.2648246X-RAY DIFFRACTION8
1.9784-2.00170.2677750.24161441X-RAY DIFFRACTION47
2.0017-2.02610.29571210.22622342X-RAY DIFFRACTION78
2.0261-2.05170.25061330.20672644X-RAY DIFFRACTION86
2.0517-2.07870.23751340.20282709X-RAY DIFFRACTION89
2.0787-2.10710.22711350.19552764X-RAY DIFFRACTION91
2.1071-2.13720.23951350.18332880X-RAY DIFFRACTION93
2.1372-2.16910.20971330.18032866X-RAY DIFFRACTION95
2.1691-2.2030.23861680.18022911X-RAY DIFFRACTION96
2.203-2.23910.20241510.18062946X-RAY DIFFRACTION96
2.2391-2.27770.23541470.17622931X-RAY DIFFRACTION96
2.2777-2.31910.22151420.17112908X-RAY DIFFRACTION96
2.3191-2.36370.22021580.16972964X-RAY DIFFRACTION96
2.3637-2.41190.19551650.17122900X-RAY DIFFRACTION97
2.4119-2.46430.2241690.17112974X-RAY DIFFRACTION97
2.4643-2.52160.17621590.16752952X-RAY DIFFRACTION97
2.5216-2.58460.22891660.17392971X-RAY DIFFRACTION97
2.5846-2.65450.20541810.17312936X-RAY DIFFRACTION97
2.6545-2.73250.20421460.1763023X-RAY DIFFRACTION98
2.7325-2.82060.21891670.18192971X-RAY DIFFRACTION98
2.8206-2.92140.20531460.183030X-RAY DIFFRACTION99
2.9214-3.03820.21161850.17283048X-RAY DIFFRACTION99
3.0382-3.17630.21831840.17883016X-RAY DIFFRACTION100
3.1763-3.34350.19561630.17253097X-RAY DIFFRACTION99
3.3435-3.55260.18761380.16043058X-RAY DIFFRACTION99
3.5526-3.82630.18361710.15213054X-RAY DIFFRACTION99
3.8263-4.21030.17851480.13783061X-RAY DIFFRACTION99
4.2103-4.81690.16911580.13193054X-RAY DIFFRACTION99
4.8169-6.0590.17721740.14453089X-RAY DIFFRACTION99
6.059-28.31440.16831780.15533070X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55620.4679-0.63951.1233-0.24581.32760.0662-0.10760.18950.12470.01570.1459-0.0999-0.1821-0.05170.10150.0040.00770.14720.00360.142147.2727-22.257812.6221
20.83570.24760.14740.78710.12440.60470.04940.0286-0.1799-0.01290.0088-0.00580.1497-0.0404-0.05440.1040.0026-0.01750.09330.00140.143851.6715-42.89650.6342
31.71270.0297-0.34191.27230.0331.3563-0.01730.08190.2029-0.31680.0767-0.184-0.24680.1937-0.05610.2931-0.05820.04810.1935-0.03640.172435.4135-21.1073-38.0769
40.7576-0.06050.35421.1402-0.25881.33020.0655-0.0912-0.0692-0.03020.04610.12920.0615-0.2127-0.11160.1171-0.0328-0.02980.1962-0.0160.137620.4232-38.9711-20.7377
51.1904-0.03380.47111.4152-0.09183.48070.11160.1917-0.1115-0.39630.06640.0220.19990.2981-0.11660.25540.0105-0.02710.1799-0.06350.187832.2954-46.7724-35.6743
60.79550.34050.31180.7398-0.09781.62570.02210.0497-0.008-0.18870.08040.2036-0.0505-0.178-0.0360.16290.0036-0.04150.1891-0.01830.13217.759-31.7664-34.0267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 29:288 )A29 - 288
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 289:541 )A289 - 541
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 29:258 )B29 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 259:448 )B259 - 448
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 449:479 )B449 - 479
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 480:535 )B480 - 535

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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