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万見
- PDB-5f1c: Crystal structure of an invertebrate P2X receptor from the Gulf C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1c
タイトルCrystal structure of an invertebrate P2X receptor from the Gulf Coast tick in the presence of ATP and Zn2+ ion at 2.9 Angstroms
要素Putative uncharacterized protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ligand / Complex / channel / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / response to ATP / plasma membrane => GO:0005886 / postsynapse / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Amblyomma maculatum (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kasuya, G. / Hattori, M. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Divalent Cation Modulations of ATP-Gated P2X Receptor Channels
著者: Kasuya, G. / Fujiwara, Y. / Takemoto, M. / Dohmae, N. / Nakada-Nakura, Y. / Ishitani, R. / Hattori, M. / Nureki, O.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,03024
ポリマ－120,5523
非ポリマー3,47821
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15810 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area45620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.458, 139.900, 202.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 30:372 )
21chain B and (resseq 30:372 )
31chain C and (resseq 30:372 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 30 - 372 / Label seq-ID: 12 - 354

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 30:372 )AA
2chain B and (resseq 30:372 )BB
3chain C and (resseq 30:372 )CC

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 40184.062 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 24-376 / 変異: N171Q, C394L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma maculatum (ダニ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: G3MM57
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 8000, zinc acetate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 52512 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 52.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 2.809 / Net I/av σ(I): 14.957 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 329968
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.9550.84526010.0620.4060.9412.05899.6
2.95-35.10.77425810.1530.3670.862.13299.5
3-3.065.20.74525920.1890.3530.8282.12999.4
3.06-3.125.40.70325470.3290.3260.7782.19999.2
3.12-3.195.50.66226140.370.3040.7312.23699.7
3.19-3.275.70.60825870.4970.2730.6692.28899.7
3.27-3.355.80.53725660.6360.2390.5892.33999.7
3.35-3.4460.46926280.7730.2040.5132.41299.7
3.44-3.546.20.40525960.8560.1730.4422.4999.8
3.54-3.656.40.34426060.9220.1440.3732.54699.9
3.65-3.786.60.30226400.9290.1250.3282.68899.9
3.78-3.946.60.24726100.9610.1010.2682.736100
3.94-4.116.80.19126550.9790.0780.2062.8100
4.11-4.3370.13626000.990.0540.1462.79699.8
4.33-4.67.10.11226470.9930.0440.123.066100
4.6-4.967.20.126290.9950.0390.1083.211100
4.96-5.4670.10226760.9940.040.113.75100
5.46-6.246.80.10726700.9940.0430.1153.71899.8
6.24-7.867.20.07827120.9960.0310.0843.663100
7.86-5070.04927550.9980.0190.0523.4296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ATP-bound zfP2X4-C structure (PDB: 4DW1)

4dw1


解像度: 2.9→43.068 Å / FOM work R set: 0.7734 / SU ML: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 1997 3.81 %
Rwork0.2547 50359 -
obs0.256 52356 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.366 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 152.83 Å2 / Biso mean: 65.06 Å2 / Biso min: 12.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.1244 Å2-0 Å20 Å2
2---8.2075 Å20 Å2
3----0.9169 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→43.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 176 119 8095
Biso mean--56.49 44.45 -
残基数----1042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.69311168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2522851
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
12B2548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
13C2531X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.97250.42861400.39543513365399
2.9725-3.05290.36351410.37043566370799
3.0529-3.14270.37021400.35063526366699
3.1427-3.24410.35431400.326435453685100
3.2441-3.360.3941410.298635523693100
3.36-3.49450.29581420.282835613703100
3.4945-3.65340.2771420.251935903732100
3.6534-3.84590.30941420.24235963738100
3.8459-4.08670.26031420.224535873729100
4.0867-4.4020.24471440.19836183762100
4.402-4.84440.19731440.189436423786100
4.8444-5.54420.23681440.193836403784100
5.5442-6.98030.24541460.235736833829100
6.9803-43.07240.31331490.26233740388997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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