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Yorodumi- PDB-5f1c: Crystal structure of an invertebrate P2X receptor from the Gulf C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f1c | ||||||
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Title | Crystal structure of an invertebrate P2X receptor from the Gulf Coast tick in the presence of ATP and Zn2+ ion at 2.9 Angstroms | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / ligand / Complex / channel / agonist | ||||||
Function / homology | Function and homology information purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / response to ATP / plasma membrane => GO:0005886 / postsynapse / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Amblyomma maculatum (Gulf Coast tick) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Kasuya, G. / Hattori, M. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2016 Title: Structural Insights into Divalent Cation Modulations of ATP-Gated P2X Receptor Channels Authors: Kasuya, G. / Fujiwara, Y. / Takemoto, M. / Dohmae, N. / Nakada-Nakura, Y. / Ishitani, R. / Hattori, M. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f1c.cif.gz | 220.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f1c.ent.gz | 172.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f1c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5f1c_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5f1c_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 5f1c_validation.xml.gz | 42.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5f1c_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f1c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4dw1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 30 - 372 / Label seq-ID: 12 - 354
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-Components
#1: Protein | Mass: 40184.062 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 24-376 / Mutation: N171Q, C394L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Amblyomma maculatum (Gulf Coast tick) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): Sf9 / References: UniProt: G3MM57 #2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.83 Å3/Da / Density % sol: 74.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: PEG 8000, zinc acetate, MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 52512 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 52.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 2.809 / Net I/av σ(I): 14.957 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 329968 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: ATP-bound zfP2X4-C structure (PDB: 4DW1) Resolution: 2.9→43.068 Å / FOM work R set: 0.7734 / SU ML: 0.94 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 29.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.366 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 152.83 Å2 / Biso mean: 65.06 Å2 / Biso min: 12.57 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→43.068 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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