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- PDB-5f1b: Structural basis of Ebola virus entry: viral glycoprotein bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1b
タイトルStructural basis of Ebola virus entry: viral glycoprotein bound to its endosomal receptor Niemann-Pick C1
要素
  • GP1
  • GP2
  • Niemann-Pick C1 protein
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / Ebola virus / glycoprotein / NPC1-C / VIRAL PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process / programmed cell death / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cholesterol efflux / lysosomal transport / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / cholesterol metabolic process / negative regulation of TORC1 signaling / neurogenesis / cholesterol homeostasis / macroautophagy / liver development / autophagy / endocytosis / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / signaling receptor activity / virus receptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / gene expression / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / lysosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / virion membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 ...NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, H. / Shi, Y. / Song, J. / Qi, J. / Lu, G. / Yan, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
China Ministry of Science and Technology National 973 Project2013CB531502 and 2014CB542503 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Ebola Viral Glycoprotein Bound to Its Endosomal Receptor Niemann-Pick C1.
著者: Wang, H. / Shi, Y. / Song, J. / Qi, J. / Lu, G. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP1
B: GP2
C: Niemann-Pick C1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9384
ポリマ－61,5143
非ポリマー4241
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.261, 107.261, 93.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 GP1 / GP1 / 2 / GP


分子量: 17194.543 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 32-188 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Kikwit-95 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P87666
#2: タンパク質 GP2 / GP1 / 2 / GP


分子量: 14882.807 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 509-598 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Kikwit-95 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P87666
#3: タンパク質 Niemann-Pick C1 protein


分子量: 29436.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 374-620 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15118
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% (v/v) pentaerythritolpropoxylate, 0.2M sodium chloride, pH 5.5, 0.1M MES-NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 27329 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Net I/σ(I): 32.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CSY

3csy


解像度: 2.3→41.858 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 1369 5.01 %
Rwork0.1813 --
obs0.1837 27310 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3657 0 0 171 3828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1525123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5711333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006667
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2992-2.38130.281410.23432557X-RAY DIFFRACTION100
2.3813-2.47670.28491270.2132567X-RAY DIFFRACTION100
2.4767-2.58940.25131460.20612584X-RAY DIFFRACTION100
2.5894-2.72590.26771370.20712594X-RAY DIFFRACTION100
2.7259-2.89660.27191420.19782586X-RAY DIFFRACTION100
2.8966-3.12020.28751090.20222603X-RAY DIFFRACTION100
3.1202-3.4340.25631440.19712601X-RAY DIFFRACTION100
3.434-3.93060.19761450.17132587X-RAY DIFFRACTION100
3.9306-4.95090.19041370.14672605X-RAY DIFFRACTION100
4.9509-41.86510.22221410.17482657X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.2833 Å / Origin y: -16.3893 Å / Origin z: -320.9409 Å
111213212223313233
T0.2617 Å20.0041 Å20.0421 Å2-0.2557 Å20.0374 Å2--0.2749 Å2
L0.358 °2-0.1253 °20.2223 °2-0.2324 °2-0.1891 °2--0.1052 °2
S-0.0216 Å °-0.0146 Å °0.0127 Å °-0.0221 Å °0.0372 Å °0.0583 Å °0.0118 Å °-0.0441 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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