PDB-5f16: CTA-modified hen egg-white lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f16

タイトル

CTA-modified hen egg-white lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

McGlone, C. / Nix, J.C. / Page, R.C.

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2016
タイトル: Investigating the Impact of Polymer Functional Groups on the Stability and Activity of Lysozyme-Polymer Conjugates.
著者: Lucius, M. / Falatach, R. / McGlone, C. / Makaroff, K. / Danielson, A. / Williams, C. / Nix, J.C. / Konkolewicz, D. / Page, R.C. / Berberich, J.A.

履歴

登録	2015年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f16.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f16.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f14SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e3u-d 7byo-d 2a7f-d 6apm-d 2g4p-d 3a93-d 6abz-d 1iot-d 1c10-d 6ad5-d 1bhz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.111, 78.111, 37.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg-white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M sodium chloride, 12% (w/v) PEG 6000 / PH範囲: 7.3-7.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→55.233 Å / Num. obs: 36732 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 1.337 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 5278 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F14

5f14

解像度: 1.2→55.233 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2484	1938	5.46 %	Random selection
R_work	0.2088	-	-	-
obs	0.211	35488	95.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→55.233 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	4	143	1148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.989	1425
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.22	381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	188

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2296	0.5673	123	0.5543	2092	X-RAY DIFFRACTION	86
1.2296-1.2629	0.5231	131	0.4901	2309	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2629-1.3001	0.5313	129	0.5156	2176	X-RAY DIFFRACTION	89
1.3001-1.342	0.3368	131	0.3034	2271	X-RAY DIFFRACTION	92
1.342-1.39	0.325	140	0.2964	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.4457	0.2335	143	0.2257	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4457-1.5115	0.2728	137	0.2612	2386	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5115-1.5911	0.2574	141	0.2021	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5911-1.6908	0.2257	144	0.1754	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6908-1.8214	0.2048	144	0.1802	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8214-2.0047	0.2321	144	0.2051	2462	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0047-2.2948	0.1931	143	0.1733	2489	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2948-2.8912	0.2182	147	0.1683	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8912-55.2914	0.2299	141	0.1677	2425	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.168	0.7876	-1.1328	3.8373	-0.2647	1.241	-0.4383	0.1983	-0.5041	-0.6079	0.1782	-0.4905	0.3528	0.0201	0.0746	0.2704	-0.0202	0.1068	0.1363	-0.0785	0.2878	-16.195	-7.0248	-18.5667
2	3.9386	0.2434	3.0299	7.1798	-0.458	2.7837	0.078	-0.0918	-0.6959	-0.0609	-0.0361	-0.0746	0.3951	-0.0634	-0.081	0.2425	-0.0162	0.0606	0.1142	0.0239	0.2444	-23.4766	-12.1146	-7.8133
3	4.6895	2.0721	-0.9261	2.1901	-0.9963	0.9551	-0.1511	0.1108	-0.0029	-0.1848	0.1054	-0.0518	0.0867	-0.0899	0.035	0.1488	-0.0204	0.0158	0.1043	-0.0351	0.1345	-21.5535	0.0831	-15.3024
4	5.1046	-1.5129	-1.6014	5.1706	0.1975	5.7752	0.0362	-0.2032	0.2344	-0.1298	-0.0663	0.0288	-0.0387	-0.4235	0.0031	0.0824	-0.0009	0.0019	0.102	-0.027	0.1159	-18.3705	9.344	-6.4919
5	3.5709	3.9805	0.021	8.6724	-1.7627	4.4731	0.0576	-0.5593	0.5104	0.5133	-0.1961	0.1192	-0.0075	-0.3556	0.0138	0.1119	0.002	0.002	0.1947	-0.0544	0.155	-15.7763	8.001	1.3332
6	7.2663	-1.6635	-1.9451	4.6162	4.2725	4.1024	-0.1332	-0.8382	-0.1296	0.608	-0.1249	0.0479	0.2692	-0.1356	0.2418	0.1731	0.0011	-0.0081	0.2507	0.0151	0.1129	-13.8735	4.8465	4.7823
7	2.8333	2.7737	2.7298	8.7821	5.7865	6.9053	-0.0961	0.1334	-0.3315	-0.0786	0.0886	-0.3433	0.2661	0.2498	-0.0072	0.1037	0.0218	0.0423	0.1112	0.0114	0.1919	-9.2453	1.0132	-9.0778
8	6.0727	-0.5619	-4.751	5.5612	0.9659	3.9978	-0.1157	-0.4627	-0.4842	0.198	-0.0203	-0.1628	0.328	0.0437	0.1747	0.1615	-0.0055	0.0014	0.148	0.0339	0.1929	-17.4886	-5.3887	-3.2141
9	7.3899	-2.896	4.7073	7.1273	-6.0614	6.7842	-0.2399	-0.5042	0.2367	0.3463	0.0837	0.029	-0.5597	-0.3566	0.114	0.164	0.0058	0.0086	0.1249	-0.0216	0.1371	-29.5809	0.3109	-6.2367
10	6.6968	-5.3869	-4.5337	5.995	4.8516	4.0201	-0.1159	0.5333	-0.6941	-0.2303	-0.1965	0.29	0.4558	-0.4175	0.3653	0.2937	-0.0686	-0.0053	0.1736	-0.0564	0.2188	-28.3307	-8.842	-20.0156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 88 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 89 through 100 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 101 through 114 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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