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万見
- PDB-5f15: Crystal Structure of ArnT from Cupriavidus metallidurans bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f15
タイトルCrystal Structure of ArnT from Cupriavidus metallidurans bound to Undecaprenyl phosphate
要素4-amino-4-deoxy-L-arabinose (L-Ara4N) transferase
キーワードTRANSFERASE / membrane protein / lipid glycosyltransferase / GT-C fold / undecaprenyl phosphate / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase RgtA/B/C/D-like / Aminoarabinose transferase, C-terminal / Dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase / Aminoarabinose transferase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5TR / Chem-MPG / PHOSPHATE ION / 4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase or related glycosyltransferases of PMT family
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Petrou, V.I. / Clarke, O.B. / Tomasek, D. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Mancia, F. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structures of aminoarabinose transferase ArnT suggest a molecular basis for lipid A glycosylation.
著者: Petrou, V.I. / Herrera, C.M. / Schultz, K.M. / Clarke, O.B. / Vendome, J. / Tomasek, D. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Belcher Dufrisne, M. / Kloss, B. / Kloppmann, E. / Rost, B. / ...著者: Petrou, V.I. / Herrera, C.M. / Schultz, K.M. / Clarke, O.B. / Vendome, J. / Tomasek, D. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Belcher Dufrisne, M. / Kloss, B. / Kloppmann, E. / Rost, B. / Klug, C.S. / Trent, M.S. / Shapiro, L. / Mancia, F.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (L-Ara4N) transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,56182
ポリマ－63,2121
非ポリマー28,34981
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.648, 80.322, 150.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 4-amino-4-deoxy-L-arabinose (L-Ara4N) transferase


分子量: 63212.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (strain ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34) (バクテリア)
株: ATCC 43123 / DSM 2839 / NBRC 102507 / CH34 / 遺伝子: Rmet_4828, AmT / プラスミド: pNYCOMPS-N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1LDT6

-
非ポリマー , 6種, 87分子

#2: 化合物...
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-5TR / [(2~{E},6~{E},10~{E},14~{E},18~{Z},22~{E},26~{Z},30~{E},34~{E},38~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38,42-undecaenyl] dihydrogen phosphate / Undecaprenyl phosphate


分子量: 847.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H91O4P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: Protein buffer: HEPES, NaCl, DDM, Tcep; Precipitant: MES, PEG500 DME, Magnesium acetate, Sodium formate, Tcep; LCP lipids: 99% monoolein, 1% UndP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月9日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.89 Å / Num. obs: 12463 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 63.78 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Rpim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 90035
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.2-3.427.11.7561.61553721980.50.69799.8
9.05-47.896.50.05617.5401461910.02499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimless0.3.11データスケーリング
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→47.888 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Author's note for MPG: Densities corresponding to partially ordered monoolein molecules (1-MONOOLEOYL-RAC-GLYCEROL) were modelled using alkane chains of varying length (n=4-18). We cannot ...詳細: Author's note for MPG: Densities corresponding to partially ordered monoolein molecules (1-MONOOLEOYL-RAC-GLYCEROL) were modelled using alkane chains of varying length (n=4-18). We cannot exclude that a small subset of these densities may correspond to partially ordered detergent or poly-prenyl lipid molecules.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 668 5.45 %
Rwork0.2219 21669 -
obs0.2242 12427 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.93 Å2 / Biso mean: 50.5547 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→47.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4171 0 627 6 4804
Biso mean--57.4 44.21 -
残基数----541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4826369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9642828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2003-3.32840.37471230.31722423254699
3.3284-3.47990.34641620.298523712533100
3.4799-3.66330.3371570.274723812538100
3.6633-3.89270.25331270.242424142541100
3.8927-4.19310.23651540.212524122566100
4.1931-4.61480.21321430.18124182561100
4.6148-5.28180.26261410.201924052546100
5.2818-6.65170.26771240.218424332557100
6.6517-47.8930.21321180.18282412253099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18870.5999-0.5790.897-0.41932.0698-0.10010.08510.1458-0.14390.03240.06580.0129-0.30780.06230.4785-0.0027-0.01320.4413-0.03390.416849.84414.822940.2634
22.85481.30760.27644.87162.21424.89980.0842-0.64960.28420.46980.0967-0.1480.16710.2278-0.15090.40670.07730.01460.7418-0.050.396151.973614.982176.3564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 462 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 463 through 575 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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