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- PDB-5ezv: X-ray crystal structure of AMP-activated protein kinase alpha-2/a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezv
タイトルX-ray crystal structure of AMP-activated protein kinase alpha-2/alpha-1 RIM chimaera (alpha-2(1-347)/alpha-1(349-401)/alpha-2(397-end) beta-1 gamma-1) co-crystallized with C2 (5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid)
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / allosteric activation / nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glucosylceramide biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial transcription / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cold acclimation ...negative regulation of glucosylceramide biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial transcription / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cold acclimation / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / bile acid signaling pathway / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of bile acid secretion / positive regulation of skeletal muscle tissue development / import into nucleus / CAMKK-AMPK signaling cascade / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / regulation of vesicle-mediated transport / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / nucleotide-activated protein kinase complex / : / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / tau-protein kinase / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / cellular response to ethanol / negative regulation of TOR signaling / protein localization to lipid droplet / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to caffeine / response to muscle activity / motor behavior / regulation of glycolytic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / bile acid and bile salt transport / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / cAMP-dependent protein kinase activity / lipid biosynthetic process / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / tau-protein kinase activity / Macroautophagy / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / fatty acid oxidation / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / fatty acid homeostasis / regulation of macroautophagy / negative regulation of lipid catabolic process / cellular response to nutrient levels / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to UV / positive regulation of protein localization / energy homeostasis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of adipose tissue development / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / cellular response to calcium ion / response to gamma radiation / response to activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to glucose stimulus / ADP binding / regulation of circadian rhythm / tau protein binding / Wnt signaling pathway / autophagy / fatty acid biosynthetic process / cellular response to hydrogen peroxide / cytoplasmic stress granule / response to estrogen / neuron cellular homeostasis / glucose metabolic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of T cell activation / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / response to hypoxia / protein kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : ...PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C1V / Chem-C2Z / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Langendorf, C.G. / Kemp, B.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of allosteric and synergistic activation of AMPK by furan-2-phosphonic derivative C2 binding.
著者: Langendorf, C.G. / Ngoei, K.R. / Scott, J.W. / Ling, N.X. / Issa, S.M. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Sakamoto, K. / Oakhill, J.S. / Kemp, B.E.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,84414
ポリマ－265,2666
非ポリマー2,5788
水1,51384
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9227
ポリマ－132,6333
非ポリマー1,2894
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area41600 Å2
手法PISA
2
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9227
ポリマ－132,6333
非ポリマー1,2894
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14060 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area41800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.608, 134.112, 141.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera / AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase / AMPK subunit alpha-1 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase / Tau-protein kinase PRKAA1


分子量: 63902.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAA2, AMPK, AMPK2, PRKAA1, AMPK1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3)
参照: UniProt: P54646, UniProt: Q13131, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase

-
5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 4分子 BDEF

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPKb


分子量: 30504.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAB1, AMPK / プラスミド: pCOLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y478
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 38225.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAG1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P54619

-
非ポリマー , 4種, 92分子

#4: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-C1V / 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile / A-769662


分子量: 360.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12N2O3S
#6: 化合物
ChemComp-C2Z / 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid / [5-(5-hydroxy-1,2-oxazol-3-yl)furan-2-yl]phosphonic acid


分子量: 231.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6NO6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 8 % PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 1.0 % glucose, 0.001 % cocamidopropyl betaine, 0.1 M imidazole
PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→49.3 Å / Num. all: 182062 / Num. obs: 56584 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 87.43 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 182062 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.99-3.083.20.4682.61456345540.7680.31298
12.69-49.33.10.04920.523567640.9890.03498.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
BUSTER-TNT1.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER6.3.0位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZHX

4zhx


解像度: 2.99→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9073 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 4.496 / SU Rfree Blow DPI: 0.359
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 2867 5.07 %RANDOM
Rwork0.2243 ---
obs0.2254 56562 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 175.46 Å2 / Biso mean: 68.78 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.016 Å20 Å2-3.0348 Å2
2---8.7512 Å20 Å2
3---6.7352 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14408 0 182 84 14674
Biso mean--59.39 46.94 -
残基数----1856
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4985SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes295HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2179HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14989HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1979SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16268SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14989HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20434HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.91
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 196 4.77 %
Rwork0.2731 3913 -
all0.2734 4109 -
obs--99.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 119.3968 Å / Origin y: -35.0872 Å / Origin z: 35.6237 Å
111213212223313233
T0.406 Å2-0.0745 Å20.0325 Å2-0.3918 Å2-0.0152 Å2--0.392 Å2
L0.1111 °2-0.1907 °20.1086 °2-0.297 °2-0.1722 °2--0.0977 °2
S0.0061 Å °0.0191 Å °0.033 Å °0.0155 Å °0.0096 Å °0.025 Å °0.0165 Å °-0.054 Å °-0.0157 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A8 - 545
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A8 - 545
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B78 - 270
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B78 - 270
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C9 - 545
6X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C9 - 545
7X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }D77 - 269
8X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }E24 - 326
9X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }F25 - 324
10X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }G5 - 8
11X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }H1 - 85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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