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万見
- PDB-5ezj: Crystal Structure of Fab of parasite invasion inhibitory antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezj
タイトルCrystal Structure of Fab of parasite invasion inhibitory antibody c1 - orthorhombic form
要素
  • Fab c12 Light chain
  • Fab c12 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MALARIA INHIBITORY ANTIBODY / FAB / cyrpa
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Favuzza, P. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate antigen CyRPA and its complex with a parasite invasion inhibitory antibody.
著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. ...著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Matile, H. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Structure summary
改定 1.22017年3月1日Group: Structure summary
改定 1.32017年4月26日Group: Other / Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab c12 heavy chain
B: Fab c12 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9463
ポリマ－47,2142
非ポリマー7331
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.810, 72.770, 109.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab c12 heavy chain


分子量: 23632.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab c12 Light chain


分子量: 23581.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.0, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→41.9 Å / Num. obs: 41941 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 45.83 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 8.71 / Num. measured all: 262881
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.89-1.946.71.921.0516595311127040.6742.10186.9
1.94-1.994.070.7519866300730070.4944.421100
1.99-2.051.5141.6119736291129100.6551.641100
2.05-2.111.1552.0719128284628460.8021.254100
2.11-2.181.0852.3618278277327720.8091.179100
2.18-2.260.7982.9916813269326610.8550.87298.8
2.26-2.340.9372.9615361257925540.891.02899
2.34-2.440.4485.1416267250625060.9480.488100
2.44-2.550.3226.9315493236723660.9680.351100
2.55-2.670.2418.614775231123090.9810.26499.9
2.67-2.820.17310.9913521219221900.9870.1999.9
2.82-2.990.13512.9911834207020690.9880.149100
2.99-3.190.10316.2211597196819670.990.11499.9
3.19-3.450.0918.5511026182818260.9940.09999.9
3.45-3.780.08918.9110070169216900.9920.09899.9
3.78-4.230.07321.748706153415330.9940.0899.9
4.23-4.880.06323.487908138013760.9960.06999.7
4.88-5.980.06224.47274115911590.9950.068100
5.98-8.450.05423.2654049389370.9970.05999.9
8.450.04325.1432295675590.9950.04898.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ezi

5ezi


解像度: 1.95→41.915 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1902 5.01 %
Rwork0.1981 --
obs0.2006 37950 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 49 255 3624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9014733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0172064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99880.44631330.3912385X-RAY DIFFRACTION92
1.9988-2.05280.38081200.30992563X-RAY DIFFRACTION100
2.0528-2.11320.33031360.29962568X-RAY DIFFRACTION100
2.1132-2.18140.34591400.30762590X-RAY DIFFRACTION100
2.1814-2.25940.52441240.44882315X-RAY DIFFRACTION89
2.2594-2.34990.37771140.33982489X-RAY DIFFRACTION96
2.3499-2.45680.34531470.25382583X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.58630.31141340.22532617X-RAY DIFFRACTION100
2.5863-2.74830.28181270.20892602X-RAY DIFFRACTION100
2.7483-2.96050.26471390.21032617X-RAY DIFFRACTION100
2.9605-3.25830.2081520.18982623X-RAY DIFFRACTION100
3.2583-3.72950.22931650.18262604X-RAY DIFFRACTION100
3.7295-4.69780.19011340.14112679X-RAY DIFFRACTION100
4.6978-41.92460.1861370.14042813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12690.5889-1.50611.663-0.78984.076-0.0907-0.00120.12370.01450.0772-0.0101-0.0262-0.02520.01130.22210.0119-0.01090.2402-0.03490.31912.322515.2996-4.7455
28.2816-0.8755-2.520.24211.03929.467-0.30640.1198-0.76910.25110.25830.15341.4288-0.08060.0730.42730.0055-0.06920.35070.07120.415118.0249-21.690316.4687
34.1208-2.28980.02596.20880.3625.40090.27930.1845-0.03-0.1878-0.1079-0.24920.05380.079-0.19080.2690.03550.04510.3030.04050.242418.2258-10.48312.4776
41.63350.84340.49923.9123-0.0974.34680.11060.122-0.1611-0.04940.037-0.01530.4209-0.0311-0.12790.27180.0146-0.06740.2675-0.04840.271110.4481.1173-21.2582
50.3329-1.26921.05965.4969-4.24193.30960.2778-0.4997-0.0731-1.23990.06720.50430.7227-0.0699-0.40030.8146-0.0235-0.10140.4886-0.03710.437610.6004-19.0779-10.768
61.22450.36090.07262.22571.05448.07080.24630.0951-0.1461-0.1168-0.08280.3650.2442-0.9217-0.13230.3202-0.0091-0.0920.49130.03020.40887.3608-19.38637.6157
72.8356-0.339-1.41617.44624.44653.24910.07620.0661-0.25360.3003-0.23350.5720.7284-1.10950.21030.3698-0.1131-0.06480.52450.0880.46834.5795-25.356714.4268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 139 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 140 through 154 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 155 through 236 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 25 through 126 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 127 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 138 through 198 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 199 through 237 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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