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- PDB-5ezf: Racemic crystal structures of Pribnow box consensus promoter sequ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezf
タイトルRacemic crystal structures of Pribnow box consensus promoter sequence (Pbca)
要素
  • Complementary strand
  • Pribnow box template strand
キーワードDNA / Pribnow box consensus sequence / -10 element / transcription initiation / B-DNA double helix / DNA double helix
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Srivastava, S.C. / Huc, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-AdG-320892 フランス
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structure elucidation of the Pribnow box consensus promoter sequence by racemic DNA crystallography.
著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Srivastava, S.C. / Kauffmann, B. / Huc, I.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pribnow box template strand
B: Complementary strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4054
ポリマ－7,3252
非ポリマー802
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area4560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.736, 39.329, 65.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number61
Space group name H-MPbca

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要素

#1: DNA鎖 Pribnow box template strand


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Complementary strand


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Racemic DNA mixture*, HEPES, calcium chloride, PEG400 * For crystallization, we used four strands 1) d(CGCTATAATGCG) with L-sugars 2) d(CGCATTATAGCG) with L-sugars and 3) d(CGCTATAATGCG) with ...詳細: Racemic DNA mixture*, HEPES, calcium chloride, PEG400 * For crystallization, we used four strands 1) d(CGCTATAATGCG) with L-sugars 2) d(CGCATTATAGCG) with L-sugars and 3) d(CGCTATAATGCG) with D-sugars 4) d(CGCATTATAGCG) with D-sugars Enantio-pure DNA solutions were prepared first by de-naturation followed by slow cooling down process to ensure proper folding of the hetero-duplex formed between the non-self complementary strands. After slow-annealing, the enantiopure solutions were mixed in equimolar ratio and this racemic DNA mixture was used for crystallization.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→32.86 Å / Num. obs: 12549 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.019 / Net I/σ(I): 16.92
反射 シェル解像度: 1.65→1.79 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 99.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FQ2

1fq2


解像度: 1.65→32.856 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3167 611 4.87 %Random selection
Rwork0.2963 ---
obs0.2973 12548 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 2 52 540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.626836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.069232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.8160.47861600.39542976X-RAY DIFFRACTION100
1.816-2.07880.40181480.39092987X-RAY DIFFRACTION100
2.0788-2.61890.4311520.37732994X-RAY DIFFRACTION100
2.6189-32.8630.26231510.25152980X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.48840.2976-0.5697-1.7710.24170.60090.2168-0.09610.1069-0.03050.2131-0.00640.05430.18550.06190.39140.0140.01750.3040.00240.2524-6.5817-1.637618.743
2-0.64931.2877-0.6239-1.0815-0.45580.37920.324-0.1166-0.1001-0.02250.1040.2642-0.17930.52350.08420.34720.04270.02490.37860.03270.312-7.6473-2.483418.3238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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