PDB-5ezd: Crystal structure of a Hepatocyte growth factor activator inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ezd

タイトル

Crystal structure of a Hepatocyte growth factor activator inhibitor-1 (HAI-1) fragment covering the PKD-like 'internal' domain and Kunitz domain 1

要素

Kunitz-type protease inhibitor 1

キーワード

HYDROLASE / Transmembrane / multidomain / serine protease inhibitor / tertiary structure

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of glial cell differentiation / epithelium development / Signaling by MST1 / negative regulation of neural precursor cell proliferation / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / MET Receptor Activation / placenta blood vessel development / cellular response to BMP stimulus / epidermis development / extracellular matrix organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hong, Z. / Andreasen, P.A. / Morth, J.P. / Jensen, J.K.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Two-domain Fragment of Hepatocyte Growth Factor Activator Inhibitor-1: FUNCTIONAL INTERACTIONS BETWEEN THE KUNITZ-TYPE INHIBITOR DOMAIN-1 AND THE NEIGHBORING ...
著者: Hong, Z. / De Meulemeester, L. / Jacobi, A. / Pedersen, J.S. / Morth, J.P. / Andreasen, P.A. / Jensen, J.K.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ezd.cif.gz	117.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ezd.ent.gz	91.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ezd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ezd_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ezd_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	5ezd_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	5ezd_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4islS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2lca-d 1dfn-2 1amx-d 4lw9-4 2rjx-d 3mya-d 6gjw-1 3b4m-2 1hrz-d 5o46-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (7) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Kunitz-type protease inhibitor 1

B: Kunitz-type protease inhibitor 1

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kunitz-type protease inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kunitz-type protease inhibitor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.650, 75.140, 75.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 166:181 or resseq 189:202 or resseq 207:224 or resseq 233:304 )
2	1	1	chain B and (resseq 166:181 or resseq 189:202 or resseq 207:224 or resseq 233:304 )

#1: タンパク質	Kunitz-type protease inhibitor 1 / Hepatocyte growth factor activator inhibitor type 1 / HAI-1 分子量: 16784.799 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 168-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPINT1, HAI1, UNQ223/PRO256 / 発現宿主: Komagataella pastoris CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: O43278
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 28% w/v PEG 2000 MME, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→53.17 Å / Num. obs: 19615 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / R_sym value: 0.029 / Net I/σ(I): 22.8 / Num. measured all: 104438
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ISL

4isl

解像度: 2.1→24.143 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2567	1792	4.95 %	Random selection
R_work	0.2203	-	-	-
obs	0.2221	36191	98.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1938	0	10	63	2011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1980
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.144	2660
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.732	736
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	338

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	969	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	969	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1002-2.157	0.3086	105	0.3053	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
2.157-2.2204	0.2859	167	0.2806	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2204-2.292	0.3583	133	0.2882	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.292-2.3739	0.3684	140	0.2854	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3739-2.4689	0.3793	107	0.2492	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4689-2.5811	0.3715	136	0.2373	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5811-2.717	0.245	145	0.2351	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.717-2.887	0.2807	124	0.2356	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.887-3.1095	0.2467	167	0.2335	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1095-3.4216	0.216	175	0.2301	2612	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4216-3.9149	0.2827	139	0.201	2571	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9149-4.9255	0.242	148	0.1893	2552	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9255-24.1449	0.2223	106	0.2214	2643	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4561	3.9924	7.1039	4.0277	2.0521	5.7238	0.2064	-1.0236	-0.3227	0.1991	0.4386	-0.5743	0.0332	1.1139	-0.5265	0.5309	0.0571	-0.1343	0.9307	-0.2072	0.7412	0.4983	-0.2038	17.7941
2	1.8632	0.3311	0.0603	0.4433	-0.2078	0.5215	0.0781	0.5871	0.1256	-0.0814	-0.0445	0.1461	0.0149	-0.1714	0.5716	0.29	-0.108	0.2249	0.7883	-0.4357	1.0226	-12.9212	-2.9977	15.8685
3	6.9326	-2.3663	2.7255	5.3225	-0.7571	2.3487	-0.9958	0.1017	0.1049	-0.7393	-0.7659	0.5827	-1.0366	-1.6937	1.0878	0.7069	0.24	-0.2054	1.1018	-0.3823	1.5064	-11.4802	9.6734	20.9436
4	2.3435	1.7418	-2.7449	2.8547	0.9162	9.7174	0.2079	-1.9941	0.3139	2.2188	-0.8621	2.7715	0.172	-0.7941	0.9237	0.9084	-0.2456	0.1513	1.3219	-0.3474	1.3628	-15.415	-2.94	24.7808
5	7.5636	-0.019	-0.3349	5.2137	1.9234	4.4734	-0.133	-0.0674	1.1995	-0.0577	-0.5652	1.0073	-0.8052	-1.6511	0.3989	0.6341	0.08	-0.1178	0.5973	-0.0905	0.8136	-7.4331	2.5318	14.124
6	4.1023	0.872	5.5078	8.8405	2.3373	9.2235	-0.2928	0.9827	-0.4442	-0.8463	0.4533	-1.4543	-0.1401	1.3674	-0.2846	0.7135	-0.0653	0.1208	0.841	-0.0719	0.4982	11.6029	-7.5121	1.3263
7	2.89	-2.3261	-0.8393	7.5036	-0.3368	6.7524	0.0914	0.4463	-0.924	-0.7614	0.1729	1.0139	1.3828	-0.2686	-0.274	0.8137	-0.0039	-0.0476	0.5061	-0.0437	0.4972	1.7417	-12.6039	4.1674
8	6.5025	1.291	-5.6123	8.2288	0.9862	8.1703	0.2299	-0.0415	0.4765	-0.0969	-0.0962	1.0144	0.0222	-0.0976	-0.2026	0.6113	-0.1019	-0.0819	0.5815	-0.0156	0.5821	-0.1302	-7.1961	7.6226
9	3.3569	3.9078	-1.0938	4.5601	-1.0618	5.6352	0.3573	-0.4112	-0.3376	-0.0535	-0.8359	1.7192	0.3312	-0.3093	0.2971	0.5269	-0.0866	0.0333	0.6553	-0.1448	0.9967	13.9182	1.012	19.0256
10	1.4355	0.451	-0.3767	0.1807	0.0631	0.9438	0.1776	-0.0384	0.5245	0.0145	0.0115	-0.1303	-0.1821	0.1215	-0.4473	0.3137	0.2139	-0.0311	0.9618	-0.4607	0.7966	27.3353	2.9293	21.8315
11	7.7777	-0.9084	-2.1013	2.8632	-2.8191	3.9735	-0.673	0.3803	0.5318	-0.8204	1.455	-1.3112	-0.5883	0.5597	-0.6888	0.7164	-0.3321	0.2279	1.6314	-0.437	1.1394	25.9003	-2.1257	9.1501
12	2.3645	-2.1382	-0.0319	3.6126	0.7515	1.9415	0.1752	0.4488	-2.4709	-0.0177	0.333	-0.5856	1.9871	3.1823	-0.6704	0.9649	0.1247	-0.2279	1.3957	-0.2777	1.3245	29.8251	-5.9845	21.7608
13	5.1967	-1.0407	2.0324	6.7819	3.9554	7.2194	-0.1068	1.1632	-0.508	-0.2771	1.0389	-1.5452	0.3681	1.2525	-0.8218	0.7244	-0.0246	0.0588	1.2537	-0.3309	0.8439	24.4894	-1.4579	15.6667
14	4.8064	-2.5475	0.5973	1.3581	-0.1293	5.1918	-0.1203	0.6451	1.0309	-0.4225	0.0093	-0.9108	-1.0792	0.6321	-0.0907	0.4553	-0.1582	0.111	0.468	0.0404	0.4286	19.0391	11.2249	16.9818
15	6.8824	4.2628	-0.1042	6.8507	1.89	7.9528	-0.1038	-0.4086	0.9001	0.2526	-0.1976	0.8519	-0.784	-1.2027	0.2146	0.6893	0.1078	-0.0532	0.4363	-0.1151	0.8635	2.813	17.4692	26.3556
16	7.1776	-0.7125	-0.8678	6.203	0.61	8.251	0.0371	-0.7478	0.7622	1.3743	-0.062	-0.2597	-0.7368	0.9565	0.1591	0.7919	-0.0526	-0.0071	0.39	-0.0281	0.5332	12.6676	14.6174	31.4487
17	6.8853	-5.392	-0.0482	5.5139	1.2677	7.5785	0.1988	0.6712	-0.0294	0.0169	-0.1895	-0.12	-0.1659	1.0685	0.0174	0.6146	-0.0935	-0.1114	0.5303	-0.0131	0.5766	14.5418	11.1703	26.0364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 166 through 173 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 174 through 189 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 190 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 251 through 262 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 263 through 280 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 281 through 304 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 166 through 173 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 174 through 189 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 190 through 198 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 199 through 208 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 209 through 233 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 234 through 250 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 251 through 262 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 263 through 280 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 281 through 304 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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