PDB-5ezc: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I18C-L22H-I25E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ezc

タイトル

A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I18C-L22H-I25E

要素

CC-Hept-C-H-E

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Coiled coil / heptamer

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Burton, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2016
タイトル: Installing hydrolytic activity into a completely de novo protein framework.
著者: Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ezc.cif.gz	94.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ezc.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ezc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ezc_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ezc_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	5ezc_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	5ezc_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ez8C 5ez9C 5ezaC 5ezeC 5f2yC 4pnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7baw-d 6g66-d 5ez9-d 4pna-d 5eza-d 6g69-1 6eik-d 6eiz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hept-C-H-E

B: CC-Hept-C-H-E

C: CC-Hept-C-H-E

D: CC-Hept-C-H-E

E: CC-Hept-C-H-E

F: CC-Hept-C-H-E

G: CC-Hept-C-H-E

23.7 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.252, 60.880, 69.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-C-H-E 分子量: 3381.951 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris at pH 7.0 with 10% w/v PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→53.9 Å / Num. obs: 22242 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pna

4pna

解像度: 1.8→44.376 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	1135	5.11 %
R_work	0.1871	-	-
obs	0.1888	22206	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.376 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1610	0	0	162	1772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	2173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.204	623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8001-1.882	0.3381	144	0.2839	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
1.882-1.9812	0.2855	131	0.2339	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9812-2.1054	0.279	136	0.2194	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1054-2.2679	0.227	131	0.1743	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2679-2.4961	0.2405	127	0.1737	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4961-2.8573	0.2004	172	0.1767	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8573-3.5996	0.1795	144	0.1751	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5996-44.3892	0.2155	150	0.1818	2690	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5897	1.6901	-6.4907	1.8923	-2.2451	8.0914	0.0951	-0.0964	0.4577	-0.3821	-0.046	-0.4235	0.0925	0.3305	-0.0892	0.249	0.017	0.0272	0.1844	0.0686	0.3274	-31.2092	-1.3391	-44.6891
2	4.5304	2.4522	-5.2267	3.4104	-1.7362	6.6531	-0.47	-0.3394	-1.2609	-0.188	0.0043	-0.6235	0.2992	0.7199	0.4195	0.243	0.0508	-0.0375	0.2507	-0.0069	0.2992	-26.8863	-19.2643	-38.8053
3	4.9433	-1.9648	-4.3963	4.776	1.3982	5.8031	0.4831	1.1287	0.62	-0.7528	-0.1657	-0.718	-0.195	-0.3174	-0.2888	0.3234	0.0338	0.0124	0.3827	0.0782	0.2399	-34.4442	-6.4281	-51.3912
4	7.5954	-1.3689	-5.2544	4.9533	1.0221	6.58	-0.1715	1.2077	-0.319	-0.5808	-0.0281	-0.408	0.1969	-0.3436	0.1101	0.3255	-0.0316	-0.039	0.3074	-0.0627	0.1866	-35.2351	-14.9067	-51.5895
5	5.2589	-2.5494	-5.6177	3.2522	2.1062	5.5943	-0.2149	0.4345	-0.1658	-0.2017	0.2055	-0.4899	0.0372	0.0284	-0.0493	0.2386	-0.021	0.0099	0.1739	-0.093	0.2699	-32.033	-20.7853	-46.0256
6	5.209	0.369	-6.6824	2.4415	-1.8354	8.7549	0.3246	-0.6018	0.7936	-0.1598	-0.1138	-0.3602	-0.2529	0.863	-0.1835	0.2098	-0.0448	-0.0326	0.2732	0.0047	0.2832	-27.0684	-4.0175	-37.654
7	2.6634	0.1374	-3.812	1.5311	-0.4942	7.2783	-0.0679	-0.2841	-0.2208	-0.1213	-0.0339	-0.1488	0.0262	0.6155	0.0331	0.1826	0.0023	-0.0856	0.2529	0.0199	0.1653	-25.1664	-11.8973	-35.1252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 2 through 30 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 2 through 30 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 2 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 2 through 31 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 2 through 31 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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