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- PDB-5eyw: Crystal structure of Litopenaeus vannamei triosephosphate isomera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eyw
タイトルCrystal structure of Litopenaeus vannamei triosephosphate isomerase complexed with 2-Phosphoglycolic acid
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM / shrimp / 2-Phosphoglycolic acid / low-thermal stability
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Litopenaeus vannamei (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Carrasco-Miranda, J.S. / Lopez-Zavala, A.A. / Brieba, L.G. / Rudino-Pinera, E. / Sotelo-Mundo, R.R.
資金援助 メキシコ, 3件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CB-2014-01-0237963 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)REDTULS-253719 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT) メキシコ
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Structural insights from a novel invertebrate triosephosphate isomerase from Litopenaeus vannamei.
著者: Lopez-Zavala, A.A. / Carrasco-Miranda, J.S. / Ramirez-Aguirre, C.D. / Lopez-Hidalgo, M. / Benitez-Cardoza, C.G. / Ochoa-Leyva, A. / Cardona-Felix, C.S. / Diaz-Quezada, C. / Rudino-Pinera, E. ...著者: Lopez-Zavala, A.A. / Carrasco-Miranda, J.S. / Ramirez-Aguirre, C.D. / Lopez-Hidalgo, M. / Benitez-Cardoza, C.G. / Ochoa-Leyva, A. / Cardona-Felix, C.S. / Diaz-Quezada, C. / Rudino-Pinera, E. / Sotelo-Mundo, R.R. / Brieba, L.G.
履歴
登録2015年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3624
ポリマ－54,0502
非ポリマー3122
水16,556919
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.140, 45.980, 71.850
Angle α, β, γ (deg.)74.56, 80.24, 75.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase


分子量: 27024.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Litopenaeus vannamei (甲殻類) / 遺伝子: TIM / プラスミド: pJetExpress404 / 詳細 (発現宿主): synthetic gene / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: K0E682, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 % / 解説: Needle-like crystals
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization experiments was performed with the addition of 15 mM PGA to the concentrated LvTIM protein. Needle-like crystals appeared in a reservoir solution containing 100mM Tris HCl pH ...詳細: Crystallization experiments was performed with the addition of 15 mM PGA to the concentrated LvTIM protein. Needle-like crystals appeared in a reservoir solution containing 100mM Tris HCl pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000 and 200mM Lithium sulfate monohydrate. Protein crystals grew for one week reaching dimensions of 400 x 50 x 50 um.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日
詳細: 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.15 Å / Num. obs: 48059 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 6.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 15.67
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 5.46 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I9E

2i9e


解像度: 1.7→27.15 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 2418 5.03 %
Rwork0.192 --
obs0.1942 48043 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.876 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6148 Å2-0.9237 Å2-0.8875 Å2
2--2.0741 Å2-0.18 Å2
3----1.4592 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3726 0 18 919 4663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0895164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0821406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.73480.3291350.24552580X-RAY DIFFRACTION92
1.7348-1.77250.28791390.21732668X-RAY DIFFRACTION96
1.7725-1.81370.27031450.21572630X-RAY DIFFRACTION96
1.8137-1.85910.29541350.22677X-RAY DIFFRACTION96
1.8591-1.90930.24761580.21162671X-RAY DIFFRACTION96
1.9093-1.96550.23991380.19992617X-RAY DIFFRACTION96
1.9655-2.02890.23161300.17992719X-RAY DIFFRACTION97
2.0289-2.10140.24141170.19442691X-RAY DIFFRACTION96
2.1014-2.18550.23011580.18922686X-RAY DIFFRACTION97
2.1855-2.28490.24711560.1972649X-RAY DIFFRACTION96
2.2849-2.40530.25791400.18922729X-RAY DIFFRACTION97
2.4053-2.55590.22471540.19172701X-RAY DIFFRACTION98
2.5559-2.75310.24681480.18882693X-RAY DIFFRACTION98
2.7531-3.02980.23151340.18652750X-RAY DIFFRACTION98
3.0298-3.46740.21011360.18292740X-RAY DIFFRACTION98
3.4674-4.36570.19151400.16372706X-RAY DIFFRACTION98
4.3657-27.15320.21681550.19842718X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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