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- PDB-5eyk: CRYSTAL STRUCTURE OF AURORA B IN COMPLEX WITH BI 847325 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eyk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AURORA B IN COMPLEX WITH BI 847325
要素
  • Aurora kinase B-A
  • Inner centromere protein A
キーワードTRANSFERASE / KINASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cytokinesis checkpoint signaling / meiotic spindle midzone / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / meiotic spindle midzone assembly / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / midbody abscission / chromosome passenger complex ...mitotic cytokinesis checkpoint signaling / meiotic spindle midzone / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / meiotic spindle midzone assembly / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / midbody abscission / chromosome passenger complex / protein localization to kinetochore / histone H3S10 kinase activity / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / spindle midzone / pericentric heterochromatin / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / spindle assembly / post-translational protein modification / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / kinetochore / spindle / spindle pole / cellular response to UV / chromosome / midbody / microtubule / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5U5 / Inner centromere protein A / Aurora kinase B-A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Bader, G. / Zoephel, A.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2016
タイトル: Pharmacological Profile of BI 847325, an Orally Bioavailable, ATP-Competitive Inhibitor of MEK and Aurora Kinases.
著者: Sini, P. / Gurtler, U. / Zahn, S.K. / Baumann, C. / Rudolph, D. / Baumgartinger, R. / Strauss, E. / Haslinger, C. / Tontsch-Grunt, U. / Waizenegger, I.C. / Solca, F. / Bader, G. / Zoephel, A. ...著者: Sini, P. / Gurtler, U. / Zahn, S.K. / Baumann, C. / Rudolph, D. / Baumgartinger, R. / Strauss, E. / Haslinger, C. / Tontsch-Grunt, U. / Waizenegger, I.C. / Solca, F. / Bader, G. / Zoephel, A. / Treu, M. / Reiser, U. / Garin-Chesa, P. / Boehmelt, G. / Kraut, N. / Quant, J. / Adolf, G.R.
履歴
登録2015年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase B-A
B: Aurora kinase B-A
C: Inner centromere protein A
D: Inner centromere protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5096
ポリマ－79,5804
非ポリマー9292
水6,864381
1
A: Aurora kinase B-A
D: Inner centromere protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2553
ポリマ－39,7902
非ポリマー4651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
2
B: Aurora kinase B-A
C: Inner centromere protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2553
ポリマ－39,7902
非ポリマー4651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.140, 67.450, 116.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Aurora kinase B-A / Aurora/IPL1-related kinase 2-A / XAIRK2-A / Serine/threonine-protein kinase 12-A / Serine/threonine- ...Aurora/IPL1-related kinase 2-A / XAIRK2-A / Serine/threonine-protein kinase 12-A / Serine/threonine-protein kinase aurora-B-A / xAurora-B


分子量: 32762.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: aurkb-a, airk2-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6DE08, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Inner centromere protein A / xIncenp / Mitotic phosphoprotein 130


分子量: 7028.057 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 790-847 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: incenp-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13024
#3: 化合物 ChemComp-5U5 / 3-[(3~{Z})-3-[[[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]-phenyl-methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indol-6-yl]-~{N}-ethyl-prop-2-ynamide


分子量: 464.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→115.98 Å / Num. obs: 52056 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.93-2.031.70.4012190.6
2.03-2.152.40.328195.6
2.15-2.33.30.271198.1
2.3-2.493.50.161198.9
2.49-2.733.40.115198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.93→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2590 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 51780 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2864 Å20 Å22.0899 Å2
2---10.3714 Å20 Å2
3---9.085 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4506 0 547 381 5434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095295HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1876SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes757HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5295HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion4HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion625SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6244SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 169 4.82 %
Rwork0.2397 3340 -
all0.2419 3509 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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