PDB-5ey8: Structure of FadD32 from Mycobacterium smegmatis complexed to AMPC20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ey8

タイトル

Structure of FadD32 from Mycobacterium smegmatis complexed to AMPC20

要素

Acyl-CoA synthase

キーワード

LIGASE / fatty-acyl AMP ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain-fatty-acid-[acyl-carrier-protein] ligase / long-chain fatty acid [acyl-carrier-protein] ligase activity / lipid biosynthetic process / fatty acid metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Guillet, V. / Maveyraud, L. / Mourey, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Insight into Structure-Function Relationships and Inhibition of the Fatty Acyl-AMP Ligase (FadD32) Orthologs from Mycobacteria.
著者: Guillet, V. / Galandrin, S. / Maveyraud, L. / Ladeveze, S. / Mariaule, V. / Bon, C. / Eynard, N. / Daffe, M. / Marrakchi, H. / Mourey, L.

履歴

登録	2015年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ey8.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ey8.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ey8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ey8_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ey8_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5ey8_validation.xml.gz	149.4 KB	表示
CIF形式データ	5ey8_validation.cif.gz	200.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ey9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5icr-2 5icr-3 5icr-4 1mxz-2 4hlu-1 1p73-2 3pd8-2 5fti-1 1mm7-2 5hm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acyl-CoA synthase

B: Acyl-CoA synthase

C: Acyl-CoA synthase

D: Acyl-CoA synthase

E: Acyl-CoA synthase

F: Acyl-CoA synthase

G: Acyl-CoA synthase

H: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

552 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.040, 164.040, 231.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	Acyl-CoA synthase / Fatty-acid-CoA ligase FadD32 分子量: 68306.500 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: fadD32, MSMEG_6393, MSMEI_6225 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star One Shot / 参照: UniProt: A0R618
#2: 化合物	ChemComp-5SV / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl icosyl hydrogen phosphate 分子量: 627.753 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₅₄N₅O₇P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1000 TrisHCl 100 mM, pH 8.2 - 8.7 / PH範囲: 8.2-8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→51.2 Å / Num. all: 72026 / Num. obs: 72026 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.232 / Net I/σ(I): 4.6
反射シェル	解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER		位相決定
SCALA		データスケーリング
MOSFLM		データ削減

精密化

解像度: 3.5→49.442 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2862	3632	5.04 %	random selection
R_work	0.2227	-	-	-
obs	0.2259	72002	93.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33081	0	297	0	33378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	34200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	47046
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.355	11140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	5423
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	6414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5461	0.3729	141	0.309	2663	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5461-3.5946	0.3343	152	0.2926	2678	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5946-3.646	0.3528	128	0.2913	2698	X-RAY DIFFRACTION	95
3.646-3.7004	0.3861	148	0.2782	2625	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7004-3.7582	0.3289	137	0.2782	2682	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7582-3.8198	0.3602	127	0.2664	2661	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8198-3.8856	0.3524	161	0.2546	2650	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8856-3.9562	0.3253	144	0.2607	2616	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9562-4.0323	0.3075	149	0.2404	2640	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0323-4.1146	0.3002	132	0.2389	2704	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1146-4.204	0.3222	131	0.2299	2651	X-RAY DIFFRACTION	94
4.204-4.3017	0.271	122	0.2134	2671	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3017-4.4092	0.2513	144	0.2004	2643	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4092-4.5284	0.2755	139	0.1896	2611	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5284-4.6615	0.2492	136	0.1872	2677	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6615-4.8119	0.2357	149	0.1883	2620	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8119-4.9837	0.2563	127	0.1995	2623	X-RAY DIFFRACTION	93
4.9837-5.183	0.2553	157	0.2061	2600	X-RAY DIFFRACTION	94
5.183-5.4186	0.2813	138	0.2071	2620	X-RAY DIFFRACTION	93
5.4186-5.7039	0.2944	154	0.2196	2579	X-RAY DIFFRACTION	93
5.7039-6.0607	0.3112	132	0.2177	2613	X-RAY DIFFRACTION	92
6.0607-6.5277	0.2968	141	0.2262	2570	X-RAY DIFFRACTION	92
6.5277-7.1828	0.2667	154	0.212	2597	X-RAY DIFFRACTION	91
7.1828-8.2181	0.2475	130	0.1918	2583	X-RAY DIFFRACTION	91
8.2181-10.3383	0.2265	131	0.1724	2568	X-RAY DIFFRACTION	91
10.3383-49.447	0.2534	128	0.2254	2527	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.077 Å / Origin y: 43.4777 Å / Origin z: 212.2505 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4502 Å²	0.0052 Å²	-0.0129 Å²	-	0.4567 Å²	0.0083 Å²	-	-	0.4756 Å²
L	-0.0142 °²	0.0098 °²	0.0078 °²	-	-0.0057 °²	0.0099 °²	-	-	0.1644 °²
S	-0.0067 Å °	0.0123 Å °	-0.001 Å °	-0.0184 Å °	0.0088 Å °	0.0009 Å °	-0.0388 Å °	-0.0027 Å °	-0.0104 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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