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- PDB-5ey7: Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ey7
タイトルCrystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in apo form
要素Fructokinase
キーワードTRANSFERASE / kinase / fructose phosphorylation / apo
機能・相同性
機能・相同性情報


fructokinase / fructokinase activity / fructose metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.461 Å
データ登録者Paul, R. / Nath, S. / Sen, U.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in apo form
著者: Paul, R. / Nath, S. / Sen, U.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of a fructokinase from Vibrio cholerae O395.
著者: Paul, R. / Nath, S. / Sen, U.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / pdbx_related_exp_data_set / Item: _citation.journal_id_CSD
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructokinase
B: Fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0143
ポリマ－69,9912
非ポリマー231
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.116, 99.858, 61.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Fructokinase


分子量: 34995.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Vibrio cholerae O395 fructokinase in apo form
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: cscK, VC0395_0600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AER7, fructokinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 5% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0 / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 23435 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.73 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/av σ(I): 1.9 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.46→2.64 Å / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
AUTOMARデータ削減
AUTOMARデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TZ6

1tz6


解像度: 2.461→29.409 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1172 5.01 %
Rwork0.2155 --
obs0.2169 23398 95.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.461→29.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4543 0 1 83 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7376313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9021647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4607-2.57260.40331380.33592618X-RAY DIFFRACTION91
2.5726-2.70820.2871410.28982817X-RAY DIFFRACTION98
2.7082-2.87770.30781550.27672822X-RAY DIFFRACTION98
2.8777-3.09970.32131500.28562826X-RAY DIFFRACTION98
3.0997-3.41120.2681480.24262819X-RAY DIFFRACTION97
3.4112-3.90380.25171480.20882801X-RAY DIFFRACTION96
3.9038-4.91470.19911420.16832780X-RAY DIFFRACTION94
4.9147-29.41120.17761500.172743X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7308-0.6474-0.19531.7732-1.51248.2484-0.2935-0.9432-0.21240.27610.0685-0.08080.59770.54080.56090.47480.00860.0140.9919-0.0990.4162.54127.4195-28.2499
22.4979-0.55370.88922.1967-0.03483.6898-0.1429-0.69780.8040.26320.1344-0.4239-0.55270.4129-0.09460.4957-0.0875-0.00090.8207-0.24380.51163.490434.9097-34.414
33.7809-2.02650.06351.36480.78684.1203-0.2529-0.917-0.13730.42060.25490.17910.1021-0.1579-0.06150.4096-0.03570.01410.6104-0.05810.347-6.401327.5232-34.9872
44.3715-0.3989-0.94392.74591.59513.4129-0.0056-0.3143-0.42450.392-0.16690.17440.1207-0.14610.17440.3998-0.0433-0.00620.5159-0.00630.3904-10.657524.6095-44.4583
53.1426-0.2286-1.18124.03660.26462.1546-0.0561-0.3911-1.67540.1001-0.02510.64270.2071-0.55070.04790.4321-0.02510.03350.65140.11170.9139-7.69919.1752-44.7254
65.4564-1.1066-0.39886.3351.01733.92090.3696-0.5875-1.47920.8716-0.34130.29690.58030.261-0.09450.6615-0.05140.03480.59010.14591.01834.00877.7305-39.0019
73.98530.3527-0.84131.99320.46912.8992-0.0929-0.4878-0.66670.19450.005-0.19460.1015-0.03290.14140.34160.01730.0120.6570.02240.489810.783215.7872-40.2128
88.2279-1.155-2.81562.50121.10143.6521-0.1166-0.37920.0352-0.15640.0557-0.1455-0.04221.09580.16420.4063-0.028-0.0170.7716-0.01170.3672-10.186532.3114-6.8336
92.5655-0.57890.67161.6530.8183.0766-0.16110.23390.1763-0.16420.1483-0.0564-0.00060.4740.02490.3584-0.04890.01460.4871-0.02320.339-19.584333.4057-8.6294
101.65460.18891.26752.96340.50275.0921-0.25540.01821.11820.1539-0.0171-0.4064-1.51510.25070.35560.8315-0.0497-0.1610.5862-0.0690.8955-22.170752.6338-0.826
111.46930.32631.48712.4589-0.50212.40630.0877-0.45960.52260.1639-0.11550.087-0.42280.0168-0.00460.6059-0.031-0.07060.5362-0.14650.5251-18.388342.265510.6794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 196 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 239 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 240 through 263 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 264 through 323 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 17 through 45 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 46 through 164 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 165 through 264 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 265 through 307 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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