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Yorodumi- PDB-5ey7: Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in ap... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ey7 | ||||||
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Title | Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in apo form | ||||||
Components | Fructokinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / kinase / fructose phosphorylation / apo | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.461 Å | ||||||
Authors | Paul, R. / Nath, S. / Sen, U. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in apo form Authors: Paul, R. / Nath, S. / Sen, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ey7.cif.gz | 244.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ey7.ent.gz | 198.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ey7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5eynC 5f0zC 5f11C 1tz6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34995.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Vibrio cholerae O395 fructokinase in apo form Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (bacteria) Strain: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / Gene: cscK, VC0395_0600 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3AER7, fructokinase #2: Chemical | ChemComp-NA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 5% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0 / PH range: 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 18, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 23435 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 2.73 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/av σ(I): 1.9 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.46→2.64 Å / Redundancy: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.01 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1TZ6 Resolution: 2.461→29.409 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 30.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.461→29.409 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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