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- PDB-5exv: Crystal structure of heme binding protein HutX from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exv
タイトルCrystal structure of heme binding protein HutX from Vibrio cholerae
要素Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
キーワードHEME-BINDING PROTEIN / heme oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intracellular heme transport protein HutX-like / Haem utilisation ChuX/HutX / HemS/ChuS/ChuX like domains / Heme iron utilization protein-like fold / : / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heme utilization cystosolic carrier protein HutX / Intracellular heme transport protein HutX
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Sekine, Y. / Tanaka, Y. / Uchida, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Cytoplasmic Heme-Binding Protein (HutX) from Vibrio cholerae Is an Intracellular Heme Transport Protein for the Heme-Degrading Enzyme, HutZ
著者: Sekine, Y. / Tanzawa, T. / Tanaka, Y. / Ishimori, K. / Uchida, T.
履歴
登録2015年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
B: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
C: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
D: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
E: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
F: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,4476
ポリマ－127,4476
非ポリマー00
水00
1
A: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
B: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4822
ポリマ－42,4822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
2
C: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
D: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4822
ポリマ－42,4822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16550 Å2
手法PISA
3
E: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein
F: Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4822
ポリマ－42,4822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.200, 80.880, 111.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hemin-degrading HemS.ChuX domain protein / HutX protein / HuvX protein / Putative heme iron utilization protein


分子量: 21241.189 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: hutX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085SE34, UniProt: Q9KL40*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG400, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.66 Å / Num. obs: 23690 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.41 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.901→48.657 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 1185 5.01 %
Rwork0.2464 --
obs0.248 23663 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→48.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7856 0 0 0 7856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31610860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3343002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9008-3.03280.38541450.31732733X-RAY DIFFRACTION97
3.0328-3.19270.30021460.28782789X-RAY DIFFRACTION98
3.1927-3.39270.28781500.26692816X-RAY DIFFRACTION98
3.3927-3.65450.28971460.2562779X-RAY DIFFRACTION99
3.6545-4.02220.2681490.24752830X-RAY DIFFRACTION99
4.0222-4.60380.2631480.22082818X-RAY DIFFRACTION99
4.6038-5.79880.26271500.23882850X-RAY DIFFRACTION99
5.7988-48.66410.26721510.23172863X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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