PDB-5ewk: Scabin toxin from Streptomyces Scabies in complex with inhibitor PJ34

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ewk

タイトル

Scabin toxin from Streptomyces Scabies in complex with inhibitor PJ34

要素

Putative ADP-Ribosyltransferase Scabin

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / transferase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

: / : / Scabin-like / nucleotide binding / Chem-P34 / Putative secreted protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ravulapalli, R. / Lyons, B. / Merrill, A.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Scabin, a Novel DNA-acting ADP-ribosyltransferase from Streptomyces scabies.
著者: Lyons, B. / Ravulapalli, R. / Lanoue, J. / Lugo, M.R. / Dutta, D. / Carlin, S. / Merrill, A.R.

履歴

登録	2015年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list ...citation / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ewk.cif.gz	113.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ewk.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ewk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ewk_validation.pdf.gz	750.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ewk_full_validation.pdf.gz	750.7 KB	表示
XML形式データ	5ewk_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	5ewk_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dazSC 5ewyC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ewy-d 5m7z-4 5tlb-d 2l5l-d 6vuv-d 4b32-d 5daz-d 1ejh-1 4b33-d 6xuf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ADP-Ribosyltransferase Scabin

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.470, 61.180, 38.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-433- HOH
2	1	A-479- HOH
3	1	A-523- HOH

#1: タンパク質	Putative ADP-Ribosyltransferase Scabin 分子量: 21992.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア) 株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_27771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C9Z6T8, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-P34 / N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE / PJ-34 分子量: 295.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇N₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 15% w/v PEG400 / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.41 Å / Num. all: 26086 / Num. obs: 26018 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.029 / R_sym value: 0.02 / Net I/σ(I): 23.33
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5DAZ

5daz

解像度: 1.6→37.41 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	1300	5 %
R_work	0.1536	-	-
obs	0.1549	25993	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1315	0	22	143	1480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.129	819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6641	0.2536	143	0.2433	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6641-1.7398	0.2386	144	0.2127	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7398-1.8315	0.2274	144	0.1845	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.9463	0.1875	142	0.1591	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9463-2.0966	0.1886	144	0.1594	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0966-2.3075	0.214	145	0.1582	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.6414	0.1706	145	0.1551	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6414-3.3277	0.1794	145	0.1538	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3277-43.0349	0.1531	148	0.1342	2809	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8425	2.8048	7.2035	2.4195	3.1168	8.9914	0.4147	1.2086	0.1563	-0.0684	-0.0195	-0.1486	-0.4973	0.8222	-0.4238	0.5341	0.0949	0.1603	0.6474	0.0433	0.4142	42.5922	38.432	2.6657
2	3.0172	-0.9768	-0.5015	2.1295	0.3449	1.9401	0.0646	0.689	0.033	-0.3575	-0.0904	0.3298	-0.0445	-0.5907	0.0067	0.2298	0.0005	-0.0507	0.3933	0.0112	0.2005	22.1224	34.1387	9.5777
3	6.0056	-2.2629	0.166	3.2886	1.9323	1.8694	-0.1881	-0.0599	0.2592	0.0876	0.0514	0.3556	-0.2797	-0.6672	0.1784	0.2562	0.0643	-0.0074	0.3486	0.0432	0.2411	19.0052	39.115	18.0426
4	3.9862	-2.0084	1.0855	6.9162	-3.4128	3.7498	-0.2144	-0.2217	0.0157	0.3125	0.1888	-0.0618	0.0414	-0.2069	0.0842	0.2086	0.0139	-0.0186	0.1893	-0.0295	0.1555	34.5459	33.4722	23.6932
5	3.5273	-0.4968	-0.0893	3.4027	-0.1024	0.01	-0.0141	-0.0825	-0.1714	0.3729	0.043	0.3876	-0.0791	-0.2368	-0.0163	0.2435	-0.022	0.0411	0.2092	0.0004	0.1662	29.5885	29.963	18.725
6	3.0672	-1.0981	-2.0039	6.4196	-2.8505	3.4229	0.1267	-0.1994	0.6002	0.7435	0.0005	-0.1114	-1.2323	0.1198	-0.1197	0.4009	0.0429	-0.0004	0.2564	0.0019	0.3534	26.8381	47.5203	20.7308
7	3.3081	-1.6169	-0.5294	5.3124	-0.5413	1.9908	-0.0012	0.3571	-0.0911	-0.1611	-0.0628	0.1663	0.0912	-0.3308	0.0533	0.1324	-0.0355	0.0143	0.1873	-0.0103	0.1039	28.907	31.8175	13.4865
8	4.1529	1.0157	3.1812	2.6199	0.5916	6.817	-0.1038	-0.7964	-0.2354	0.571	-0.0477	0.1368	0.244	-0.7202	0.1082	0.3865	0.0193	0.0843	0.2756	0.0747	0.2454	35.7339	21.9584	28.7884
9	4.1436	-0.1698	1.2332	8.4552	-2.1749	4.8426	-0.0768	0.588	-0.2793	-0.9042	-0.0193	0.1272	0.5648	-0.3511	0.1651	0.2314	-0.0253	0.0441	0.2403	-0.0845	0.1996	35.1358	23.4562	6.6345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 177 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 178 through 189 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 190 through 200 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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