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- PDB-5ewb: Racemic crystal structures of Pribnow box consensus promoter sequ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ewb
タイトルRacemic crystal structures of Pribnow box consensus promoter sequence (P21/c)
要素
  • PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- NON-TEMPLATE STRAND
  • PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- TEMPLATE STRAND
キーワードDNA / Racemic DNA crystallography / Pribnow box / Bacterial Promoter / B-DNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.694 Å
データ登録者Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Srivastava, S.C. / Huc, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-AdG-320892 フランス
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structure elucidation of the Pribnow box consensus promoter sequence by racemic DNA crystallography.
著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Srivastava, S.C. / Kauffmann, B. / Huc, I.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- TEMPLATE STRAND
B: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- NON-TEMPLATE STRAND
C: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- TEMPLATE STRAND
D: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- NON-TEMPLATE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6504
ポリマ－14,6504
非ポリマー00
水1,51384
1
A: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- TEMPLATE STRAND
B: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- NON-TEMPLATE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- TEMPLATE STRAND
D: PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- NON-TEMPLATE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.118, 67.115, 47.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number14
Space group name H-MP121/c1

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要素

#1: DNA鎖 PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- TEMPLATE STRAND


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Pribnow box consensus sequence TATAAT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 PRIBNOW BOX CONSENSUS SEQUENCE- NON-TEMPLATE STRAND


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Racemic DNA mixture*, sodium cacodylate, sodium chloride, potassium chloride, spermine tetrahydrochloride, MPD *For crystallization, four strands were used i.e. (1) d(CGCTATAATGCG) with L- ...詳細: Racemic DNA mixture*, sodium cacodylate, sodium chloride, potassium chloride, spermine tetrahydrochloride, MPD *For crystallization, four strands were used i.e. (1) d(CGCTATAATGCG) with L-sugars; (2) d(CGCATTATAGCG) with L-sugars; (3) d(CGCTATAATGCG) with D-sugars and (4) d(CGCATTATAGCG) with D-sugars. Enantio-pure DNA solutions were prepared between the non-self complementary strands. Enantiopure DNA solutions were mixed in equimolar ratio and this racemic mixture was used for crystallization.
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→42.6 Å / Num. obs: 29346 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.56 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.64
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 6.42 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FQ2

1fq2


解像度: 1.694→42.6 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3496 1431 4.9 %Random selection
Rwork0.2988 ---
obs0.3012 29228 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.694→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 972 0 84 1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0121672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.169464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.694-1.75460.48351270.45212679X-RAY DIFFRACTION95
1.7546-1.82480.44771500.42632763X-RAY DIFFRACTION99
1.8248-1.90790.44471430.41532794X-RAY DIFFRACTION100
1.9079-2.00850.43111490.42572787X-RAY DIFFRACTION100
2.0085-2.13430.46761540.38112780X-RAY DIFFRACTION100
2.1343-2.29910.47371300.35712824X-RAY DIFFRACTION100
2.2991-2.53040.34921740.35762778X-RAY DIFFRACTION100
2.5304-2.89650.42281310.35742817X-RAY DIFFRACTION100
2.8965-3.6490.33971420.30932762X-RAY DIFFRACTION99
3.649-42.61540.25881310.20642813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38240.14010.27383.4968-0.22372.9191-0.35680.13610.5486-0.4487-0.31750.481-0.435-0.39770.54750.38390.0712-0.11040.3974-0.06420.481645.23144.65528.5881
26.3926-2.28912.31527.9204-0.31822.0659-0.05760.41470.46090.4967-0.3429-0.66050.2567-0.01180.43090.40180.0060.01980.3726-0.05420.334544.067723.257617.0321
31.2453-1.17250.98542.5756-0.36610.97380.28140.318-0.2248-0.3626-0.3686-0.11640.18920.17970.10870.44250.05680.01480.3673-0.03530.364740.637224.465813.5866
40.959-1.3154-0.57728.11293.53097.97990.0566-0.08470.42570.4981-0.6462-0.0582-0.2852-0.76850.4840.38560.0643-0.09440.4253-0.00350.442847.18044.565516.2136
51.6207-0.00370.73333.36270.53072.9582-0.21350.16370.6310.1282-0.10650.3205-0.3288-0.33790.4150.32840.06170.01580.3442-0.02080.405258.82087.434132.0831
62.8336-1.14511.06835.0095-0.46953.0532-0.03320.29450.01790.3084-0.3086-0.98840.20930.19130.33740.35440.01010.10490.3912-0.03480.528858.66225.837639.4618
70.8202-0.40770.98332.5626-0.05521.24240.04030.4262-0.2991-0.6196-0.1719-0.4185-0.05120.11110.110.35370.02790.09060.3694-0.03930.385555.551827.200536.1033
84.0124-0.15740.43066.98912.4528.04240.0174-0.62280.6630.9088-0.2403-0.63240.5027-0.55860.28040.42730.0649-0.03110.3741-0.01570.418860.50926.942539.7983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 12 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 7 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 5 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 6 through 12 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 7 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 8 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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