[日本語] English
万見
- PDB-5ew8: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 IN COMPLEX WITH JNJ-4275693 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ew8
タイトルFIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 IN COMPLEX WITH JNJ-4275693
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE / FGFR1 KINASE INHIBITOR COMPLEX / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / regulation of phosphate transport / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / regulation of phosphate transport / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cementum mineralization / vitamin D3 metabolic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / response to sodium phosphate / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / receptor-receptor interaction / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / positive regulation of phospholipase activity / chordate embryonic development / auditory receptor cell development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / FGFR1b ligand binding and activation / regulation of postsynaptic density assembly / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / fibroblast growth factor receptor activity / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / middle ear morphogenesis / skeletal system morphogenesis / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / Formation of paraxial mesoderm / midbrain development / fibroblast growth factor binding / positive regulation of MAP kinase activity / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / epithelial to mesenchymal transition / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / cardiac muscle cell proliferation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cell maturation / FRS-mediated FGFR1 signaling / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of neuron differentiation / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / stem cell proliferation / Signal transduction by L1 / skeletal system development / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / Negative regulation of FGFR1 signaling / sensory perception of sound / positive regulation of neuron projection development / receptor protein-tyrosine kinase / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / MAPK cascade / heparin binding / protein autophosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / gene expression / in utero embryonic development / protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5SF / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Ogg, D. / Breed, J.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2016
タイトル: Landscape of activating cancer mutations in FGFR kinases and their differential responses to inhibitors in clinical use.
著者: Patani, H. / Bunney, T.D. / Thiyagarajan, N. / Norman, R.A. / Ogg, D. / Breed, J. / Ashford, P. / Potterton, A. / Edwards, M. / Williams, S.V. / Thomson, G.S. / Pang, C.S. / Knowles, M.A. / ...著者: Patani, H. / Bunney, T.D. / Thiyagarajan, N. / Norman, R.A. / Ogg, D. / Breed, J. / Ashford, P. / Potterton, A. / Edwards, M. / Williams, S.V. / Thomson, G.S. / Pang, C.S. / Knowles, M.A. / Breeze, A.L. / Orengo, C. / Phillips, C. / Katan, M.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 1
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4527
ポリマ－70,2712
非ポリマー1,1815
水9,476526
1
A: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7744
ポリマ－35,1351
非ポリマー6393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6783
ポリマ－35,1351
非ポリマー5432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.110, 57.890, 65.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 35135.340 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 458-765 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-5SF / ~{N}'-(3,5-dimethoxyphenyl)-~{N}'-[3-(1-methylpyrazol-4-yl)quinoxalin-6-yl]-~{N}-propan-2-yl-ethane-1,2-diamine


分子量: 446.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 18-20% PEG8000, 200mM Ammonium sulphate, 100mM PCTP, 20% (v/v) ethylene glycol
PH範囲: 6.70-6.80

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→62.24 Å / Num. obs: 89791 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 75.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→62.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9408 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.081
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 4365 4.86 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1864 89791 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9538 Å20 Å2-0.1298 Å2
2---12.2788 Å20 Å2
3---6.325 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.221 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→62.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4538 0 81 526 5145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014781HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.966538HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1633SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes762HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4781HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion597SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5957SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 258 4.98 %
Rwork0.2319 4924 -
all0.2323 5182 -
obs--75.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04060.0538-0.03010.3183-0.08280.51510.01660.14810.078-0.0620.00070.0198-0.0079-0.0119-0.0173-0.25260.01680.001-0.24080.0178-0.280980.6867-2.625517.3169
22.3375-0.71320.1590.62860.03890.7480.18670.2006-0.16840.0359-0.18730.0580.04840.06570.0006-0.19850.0073-0.0218-0.219-0.0067-0.240834.56181.692513.8637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る