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- PDB-5ew7: Crystal structure of C9ORF72 Antisense CCCCGG repeat RNA associat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ew7
タイトルCrystal structure of C9ORF72 Antisense CCCCGG repeat RNA associated with Lou Gehrig's disease and frontotemporal dementia, crystallized with Ba2+
要素RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA / REPEAT EXPANSION DISORDER / GENETIC DISEASE
機能・相同性: / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Dodd, D.W. / Gagnon, K.T. / Corey, D.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Pathogenic C9ORF72 Antisense Repeat RNA Forms a Double Helix with Tandem C:C Mismatches.
著者: Dodd, D.W. / Tomchick, D.R. / Corey, D.R. / Gagnon, K.T.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,20911
ポリマ－13,8182
非ポリマー3919
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area7130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.134, 47.659, 59.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 6909.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.04 M sodium cacodylate, 50 mM KCl, 0.08 M NaCl, 0.012 M spermine, 0.02 M barium chloride, 10% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against 35% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91967 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月18日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 12281 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 19.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.893 / Net I/av σ(I): 31.074 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 70731
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.75-1.785.35880.760.5060.916100
1.78-1.815.66160.7530.4570.8851000.982
1.81-1.855.85850.8240.3180.8721000.7010.771
1.85-1.895.85930.80.2810.9351000.6180.68
1.89-1.935.96140.8710.2230.9611000.4960.545
1.93-1.975.86050.9130.1880.9791000.4150.456
1.97-2.025.95950.960.1360.9851000.3040.334
2.02-2.075.96190.9680.1180.9911000.260.285
2.07-2.145.95950.9780.0910.9651000.2040.224
2.14-2.25.96100.9860.0720.9861000.160.176
2.2-2.285.96160.9880.0630.9651000.140.154
2.28-2.385.96020.9910.0460.8751000.1020.112
2.38-2.485.96120.9940.040.8321000.0880.097
2.48-2.615.96130.9960.030.7831000.0680.074
2.61-2.785.96210.9960.0270.8471000.0610.067
2.78-2.995.86180.9960.0261.0431000.0560.062
2.99-3.295.86230.9980.0231.1881000.0520.057
3.29-3.775.76300.9990.0160.8791000.0370.04
3.77-4.755.564410.0090.49499.80.0210.023
4.75-505.26820.9990.010.45997.70.020.022

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 5EW4

5ew4


解像度: 1.75→37.196 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 1126 10 %random
Rwork0.2346 10138 --
obs0.2369 11264 91.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.89 Å2 / Biso mean: 27.1189 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→37.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 818 9 100 927
Biso mean--34.38 27.94 -
残基数----41
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4191408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.178462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.83050.3613710.300463971048
1.8305-1.9270.28191310.28951180131187
1.927-2.04780.28831500.27711344149499
2.0478-2.20590.26781520.25513721524100
2.2059-2.42780.24071530.242213751528100
2.4278-2.7790.27141520.254913751527100
2.779-3.50080.26821550.22051399155499
3.5008-37.20460.22911620.20261454161699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1396-0.58491.65781.08040.07532.9813-0.2962-0.4950.01450.16280.24490.6796-0.3731-0.3370.02150.2410.01440.04810.2122-0.09190.500916.070435.575461.2026
20.3125-0.52620.51052.8892-2.82852.7860.20290.08370.0691-0.4723-0.0328-0.00610.29260.297-0.14480.16880.0027-0.0090.1353-0.00260.118918.639831.334641.5795
35.32650.7234-1.74422.32020.68722.30150.33320.9735-0.6715-0.9531-0.19040.12070.4797-0.2974-0.11190.4150.054-0.01320.2229-0.07390.186123.657132.129422.2301
41.7449-0.4975-0.78131.90331.54341.41780.02620.045-0.7648-0.110.20490.38670.3857-0.1068-0.20750.3638-0.0373-0.080.16960.00780.37219.002931.196429.7365
51.1628-0.2283-0.39962.6219-0.05731.51930.0624-0.26480.15010.09280.2793-0.4348-0.0830.2074-0.170.1992-0.04510.01010.1421-0.01930.122419.084730.270556.4215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:7 )A3 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 8:17 )A8 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 18:21 )A18 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 2:11 )B2 - 11
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 12:21 )B12 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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