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万見
- PDB-5ew3: Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ew3
タイトルHuman Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993
要素Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE / kdr / kinase domain / ATP-binding site / VEGFR2 inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydrogen sulfide / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development ...cellular response to hydrogen sulfide / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development / endocardium development / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / positive regulation of vasculogenesis / endothelial cell differentiation / lymph vessel development / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / epithelial cell maturation / anchoring junction / positive regulation of positive chemotaxis / embryonic hemopoiesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / lung alveolus development / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of MAPK cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of macroautophagy / semaphorin-plexin signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / calcium ion homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / VEGFR2 mediated cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / cell migration / cell junction / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5T2 / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stark, W. / Goepfert, A.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Novel Potent Oral Series of VEGFR2 Inhibitors Abrogate Tumor Growth by Inhibiting Angiogenesis.
著者: Bold, G. / Schnell, C. / Furet, P. / McSheehy, P. / Bruggen, J. / Mestan, J. / Manley, P.W. / Druckes, P. / Burglin, M. / Durler, U. / Loretan, J. / Reuter, R. / Wartmann, M. / Theuer, A. / ...著者: Bold, G. / Schnell, C. / Furet, P. / McSheehy, P. / Bruggen, J. / Mestan, J. / Manley, P.W. / Druckes, P. / Burglin, M. / Durler, U. / Loretan, J. / Reuter, R. / Wartmann, M. / Theuer, A. / Bauer-Probst, B. / Martiny-Baron, G. / Allegrini, P. / Goepfert, A. / Wood, J. / Littlewood-Evans, A.
#1: ジャーナル: Biochimica et Biophysica Acta, Proteins and Proteomics
年: 2004
タイトル: Advances in the structural biology, design and clinical development of VEGF-R kinase inhibitors for the treatment of angiogenesis
著者: Manley, P.W. / Bold, G. / Bruggen, J. / Fendrich, G. / Furet, P. / Mestan, J. / Schnell, C. / Stolz, B. / Meyer, T. / Meyhack, B. / Stark, W. / Strauss, A. / Wood, J.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
B: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1324
ポリマ－72,3902
非ポリマー7432
水1,36976
1
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5662
ポリマ－36,1951
非ポリマー3711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5662
ポリマ－36,1951
非ポリマー3711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.500, 55.760, 89.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine ...VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / KDR / Protein-tyrosine kinase receptor flk-1


分子量: 36194.762 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, residues 806-1171 / 変異: E990V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1, VEGFR2 / プラスミド: pVL1393 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5T2 / 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide / AAL-993


分子量: 371.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16F3N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8727 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8727 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 23547 / Num. obs: 23229 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.582 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vr2

1vr2


解像度: 2.5→19.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9287 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9109 / SU R Cruickshank DPI: 0.503 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.473 / SU Rfree Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2535 665 2.88 %RANDOM
Rwork0.2184 ---
obs0.2194 23051 98.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 167.08 Å2 / Biso mean: 62.95 Å2 / Biso min: 27.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4887 Å20 Å20.1703 Å2
2---1.5698 Å20 Å2
3---2.0584 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4324 0 54 76 4454
Biso mean--45.79 56.14 -
残基数----540
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1559SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes645HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4486HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion559SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4891SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4486HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6057HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.75
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 90 3.27 %
Rwork0.2179 2666 -
all0.2193 2756 -
obs--98.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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