PDB-5evb: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase L1 in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5evb

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase L1 in complex with the bisthiazolidine inhibitor D-CS319

要素

Metallo-beta-lactamase L1

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / carbapenemase / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.841 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Cross-class metallo-beta-lactamase inhibition by bisthiazolidines reveals multiple binding modes.
著者: Hinchliffe, P. / Gonzalez, M.M. / Mojica, M.F. / Gonzalez, J.M. / Castillo, V. / Saiz, C. / Kosmopoulou, M. / Tooke, C.L. / Llarrull, L.I. / Mahler, G. / Bonomo, R.A. / Vila, A.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2015年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2021年4月14日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5evb.cif.gz	124.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5evb.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5evb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5evb_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5evb_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	5evb_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5evb_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nq6C 5ev6C 5ev8C 5evdC 5evkC 5ew0C 5ewaC 1smlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u0y-d 7a63-1 7l52-1 6u13-1 6uaf-1 2hb9-1 5evd-1 2aio-1 5hh6-1 6u0z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.957, 104.957, 98.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH
2	1	A-514- HOH
3	1	A-601- HOH
4	1	A-788- HOH
5	1	A-792- HOH
6	1	A-803- HOH

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase L1 / Beta-lactamase type II / Penicillinase 分子量: 28894.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): solu / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-3R9 / (3S,5S,7aR)-5-(sulfanylmethyl)tetrahydro[1,3]thiazolo[4,3-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid 分子量: 237.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₂S₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Hepes pH 7.75, 2.0 M ammonium sulphate, 1.5% PEG400. 1 ul protein (15 mg/ml) mixed with 1 ul reservoir.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→28.97 Å / Num. obs: 28142 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 37.9 % / R_merge(I) obs: 0.213 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 27.3 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SML

1sml

解像度: 1.841→28.968 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1949	1376	4.89 %
R_work	0.1479	-	-
obs	0.1501	28141	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.841→28.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2001	0	25	325	2351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2080
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.044	2843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.575	737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8412-1.907	0.2611	137	0.2027	2459	X-RAY DIFFRACTION	94
1.907-1.9833	0.216	151	0.1738	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9833-2.0735	0.1984	142	0.1624	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0735-2.1828	0.199	135	0.1534	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1828-2.3195	0.1882	139	0.1443	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3195-2.4985	0.1969	146	0.149	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4985-2.7498	0.2011	149	0.1474	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7498-3.1473	0.192	129	0.1526	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1473-3.9636	0.1933	114	0.1343	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9636-28.9713	0.1733	134	0.138	2932	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5453	1.3291	-3.1951	0.8188	-1.1322	2.9999	0.0305	-0.2639	0.2093	-0.1458	0.0829	0.0582	0.3552	0.2234	-0.076	0.237	0.0127	-0.0694	0.1659	-0.0202	0.1421	-24.1929	19.8726	-8.0767
2	3.7063	0.3498	-0.8269	0.8402	0.2535	2.3685	0.0169	0.1336	0.0349	-0.3589	0.14	0.2863	0.3427	-0.1551	-0.1315	0.2469	-0.0609	-0.1102	0.1229	0.0603	0.1897	-36.6068	22.147	-8.7183
3	1.8434	1.458	0.4838	1.7775	1.5952	2.9305	0.0088	0.1592	0.2084	-0.2369	0.1131	0.4455	0.2076	-0.2232	-0.0915	0.1772	-0.0543	-0.0802	0.136	0.0931	0.1925	-35.0406	29.3635	-9.2794
4	0.9114	0.0617	-0.0172	1.2119	0.1775	1.8032	0.0565	0.0746	0.0615	-0.081	0.0783	0.0783	0.0873	0.0794	-0.128	0.1395	-0.0237	-0.0261	0.1052	0.0273	0.1492	-27.4223	36.4308	-9.1504
5	6.0281	2.9996	2.5805	1.4992	1.3866	2.9805	-0.3161	-0.1299	0.5392	0.0548	-0.0895	0.8624	-0.0152	-0.3266	0.2314	0.1221	-0.0096	0.0515	0.1541	0.0333	0.4346	-41.8576	35.8882	1.5104
6	7.3776	2.5492	-1.5616	1.4983	-0.6435	2.1138	0.0851	-0.1826	0.0644	0.0606	0.0958	0.3228	0.1567	-0.2405	-0.1183	0.1399	-0.0313	-0.0151	0.1202	0.0555	0.2202	-37.6994	28.7895	5.6045
7	6.9813	2.1812	-0.4749	7.1446	-0.8798	2.1664	0.0296	-0.0527	0.0368	0.1865	-0.0271	-0.432	0.0445	0.1949	0.0152	0.13	-0.0093	-0.0151	0.1371	-0.0164	0.0701	-15.0113	36.1417	5.4107
8	7.4267	2.7741	-0.6305	3.9863	-0.2534	2.5537	0.1631	-0.4856	0.4963	0.2317	-0.0769	0.4635	-0.0971	0.0576	-0.0654	0.1416	-0.0003	0.0043	0.0954	-0.0066	0.1273	-28.1789	32.679	11.9893
9	2.2703	0.2962	-1.1767	2.3995	0.4462	2.7479	0.086	0.0149	-0.1854	-0.083	0.1134	0.1688	0.6424	-0.0763	-0.1512	0.2521	-0.0263	-0.0557	0.123	0.0276	0.1196	-31.6575	15.7575	6.5508
10	3.4666	4.4534	0.1293	5.7724	-0.0609	0.8317	0.2017	-0.3429	0.0233	0.164	-0.2188	-0.1248	0.1197	0.3033	0.0236	0.1951	0.0046	-0.0201	0.2556	0.028	0.0779	-17.3387	28.2671	14.6435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 178 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 191 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 193 through 219 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 220 through 239 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 240 through 261 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 262 through 295 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 296 through 317 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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