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- PDB-5ev0: Crystal structure of ragweed profilin Amb a 8 in complex with pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ev0
タイトルCrystal structure of ragweed profilin Amb a 8 in complex with poly-Pro14
要素
  • PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO
  • Profilin
キーワードALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of actin monomers / actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ambrosia artemisiifolia (ブタクサ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Offermann, L.R. / He, J.Z. / Perdue, M.L. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural, Functional, and Immunological Characterization of Profilin Panallergens Amb a 8, Art v 4, and Bet v 2.
著者: Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Perdue, M.L. / Majorek, K.A. / He, J.Z. / Booth, W.T. / Garrett, J. / Kowal, K. / Chruszcz, M.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin
B: Profilin
C: PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO
D: PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4774
ポリマ－30,4774
非ポリマー00
水1,44180
1
A: Profilin
C: PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2382
ポリマ－15,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6610 Å2
手法PISA
2
B: Profilin
D: PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2382
ポリマ－15,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.132, 40.342, 60.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 132
2010B1 - 132

-
要素

#1: タンパク質 Profilin


分子量: 14346.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ambrosia artemisiifolia (ブタクサ)
プラスミド: pJExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2KN24
#2: タンパク質・ペプチド PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO-PRO


分子量: 892.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.5, 1.4 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 14967 / Num. obs: 14967 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5EM0

5em0


解像度: 2.1→45.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.784 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 761 5 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1947 14328 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.94 Å2 / Biso mean: 35.564 Å2 / Biso min: 18.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å20 Å2-2.96 Å2
2--1.3 Å2-0 Å2
3----2.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2103 0 0 80 2183
Biso mean---37.95 -
残基数----285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.9842963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1283.0024735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2425285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60425.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98515320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.722154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02441
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7256 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 56 -
Rwork0.286 981 -
all-1037 -
obs--93.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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