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- PDB-5eul: Structure of the SecA-SecY complex with a translocating polypepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eul
タイトルStructure of the SecA-SecY complex with a translocating polypeptide substrate
要素
  • (Protein translocase subunit ...) x 2
  • AYC08
  • Preprotein translocase SecE subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SecY / SecA / ATPase / channel
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / membrane raft ...protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / membrane raft / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain ...Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Li, L. / Park, E. / Ling, J. / Ingram, J. / Ploegh, H. / Rapoport, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM052586 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a substrate-engaged SecY protein-translocation channel.
著者: Li, L. / Park, E. / Ling, J. / Ingram, J. / Ploegh, H. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA, Insertion Peptide Chimera
Y: Protein translocase subunit SecY
E: Preprotein translocase SecE subunit
V: AYC08
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,17225
ポリマ－163,8534
非ポリマー37,31921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22960 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area60260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.798, 127.798, 554.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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Protein translocase subunit ... , 2種, 2分子 AY

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA, Insertion Peptide Chimera


分子量: 94360.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌), (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: secA, div+, BSU35300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28366
#2: タンパク質 Protein translocase subunit SecY


分子量: 46768.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: secY, GTNG_0125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IJK8

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 EV

#3: タンパク質 Preprotein translocase SecE subunit


分子量: 8249.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: GTNG_0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IJH4
#4: 抗体 AYC08


分子量: 14475.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 21分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#7: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 21-24% polyethylene glycol 1500, 100mM Tris-HCl pH8.5, 50-100 mM MgAc2, 2% 2-methyl-2,4-pentandiol
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.2782 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→54 Å / Num. obs: 53847 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.7→53.852 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 42.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3148 2754 5.11 %Random selection
Rwork0.2952 ---
obs0.2962 53845 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→53.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10155 0 356 0 10511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99417211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9146339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7001-3.76380.45111510.422584X-RAY DIFFRACTION100
3.7638-3.83230.44571330.41212518X-RAY DIFFRACTION100
3.8323-3.9060.431460.40552576X-RAY DIFFRACTION100
3.906-3.98570.40841480.39372581X-RAY DIFFRACTION100
3.9857-4.07230.45461310.37922513X-RAY DIFFRACTION99
4.0723-4.1670.38551200.35972554X-RAY DIFFRACTION99
4.167-4.27120.36821450.34462569X-RAY DIFFRACTION99
4.2712-4.38660.42131380.30842546X-RAY DIFFRACTION99
4.3866-4.51560.33691640.29152499X-RAY DIFFRACTION99
4.5156-4.66130.30661050.28552551X-RAY DIFFRACTION99
4.6613-4.82780.32681500.28532523X-RAY DIFFRACTION99
4.8278-5.02090.33931150.29172566X-RAY DIFFRACTION99
5.0209-5.24930.39841420.29372555X-RAY DIFFRACTION100
5.2493-5.52580.32571540.29512562X-RAY DIFFRACTION100
5.5258-5.87160.37281260.29662570X-RAY DIFFRACTION100
5.8716-6.32430.36891340.2922578X-RAY DIFFRACTION100
6.3243-6.95950.35021280.25752552X-RAY DIFFRACTION100
6.9595-7.96380.28541210.22472605X-RAY DIFFRACTION100
7.9638-10.0230.21291370.21172561X-RAY DIFFRACTION100
10.023-53.8580.30971660.33862528X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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