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万見
- PDB-5ete: Structure of pathogen-related yeast protein, Pry1 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ete
タイトルStructure of pathogen-related yeast protein, Pry1 in complex with a competitive inhibitor of cholesterol binding
要素Pry1p
キーワードSterol binding protein / TAPs / testis specific proteins / Tpx / antigen 5 (抗原) / Ag5 / pathogenesis related-1 (感染特異的タンパク質) / PR-1 / Sc7 / CAP / cysteine-rich secretory protein / CRISP
機能・相同性Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 1,4-ジオキサン / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae YJM1434 (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Asojo, O.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and functional characterization of the CAP domain of pathogen-related yeast 1 (Pry1) protein.
著者: Darwiche, R. / Kelleher, A. / Hudspeth, E.M. / Schneiter, R. / Asojo, O.A.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pry1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2565
ポリマ－15,9041
非ポリマー3524
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.740, 124.740, 59.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

DIO

21A-302-

DIO

31A-518-

HOH

41A-538-

HOH

51A-544-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pry1p


分子量: 15903.875 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-306 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae YJM1434 (パン酵母)
遺伝子: PRY1, H819_YJM1434J00135 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: A0A0C6AG41
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.6M Ammonium sulphate, 0.1M MES pH 6.5, 10% v/v 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30.75 Å / Num. obs: 17583 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / Net I/σ(I): 15.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2405)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SMB

1smb


解像度: 2.1→28.485 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1904 831 5.13 %RANDOM
Rwork0.1671 ---
obs0.1682 16203 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.485 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1079 0 24 167 1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9351548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.132647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.23150.22181570.18792488X-RAY DIFFRACTION100
2.2315-2.40370.2081380.16612512X-RAY DIFFRACTION100
2.4037-2.64550.19971220.16892546X-RAY DIFFRACTION100
2.6455-3.02790.20621310.17042543X-RAY DIFFRACTION99
3.0279-3.81340.19541230.16792578X-RAY DIFFRACTION99
3.8134-28.48750.16691600.16012705X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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