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- PDB-5eta: Structure of MAPK14 with bound the KIM domain of the Toxoplasma p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eta
タイトルStructure of MAPK14 with bound the KIM domain of the Toxoplasma protein GRA24
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 14
  • Putative transmembrane protein
キーワードTRANSFERASE / MAPK14 / Gra24 / KIM domain / peptide-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / DSCAM interactions / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / placenta development / cell morphogenesis / platelet activation / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / secretory granule lumen / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / membrane => GO:0016020 / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transmembrane protein / Putative transmembrane protein / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pellegrini, E. / Palencia, A. / Braun, L. / Kapp, U. / Bougdour, A. / Belrhali, H. / Bowler, M.W. / Hakimi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Subversion of MAP Kinase Signaling by an Intrinsically Disordered Parasite Secreted Agonist.
著者: Pellegrini, E. / Palencia, A. / Braun, L. / Kapp, U. / Bougdour, A. / Belrhali, H. / Bowler, M.W. / Hakimi, M.A.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mitogen-activated protein kinase 14
D: Putative transmembrane protein
A: Mitogen-activated protein kinase 14
C: Putative transmembrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3154
ポリマ－86,3154
非ポリマー00
水23413
1
B: Mitogen-activated protein kinase 14
D: Putative transmembrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1572
ポリマ－43,1572
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
2
A: Mitogen-activated protein kinase 14
C: Putative transmembrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1572
ポリマ－43,1572
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.091, 61.900, 75.671
Angle α, β, γ (deg.)105.62, 96.31, 114.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / ...MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41343.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Putative transmembrane protein


分子量: 1814.135 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 440-455 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide / 由来: (合成) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086L2F3, UniProt: B6KJB6*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 25-28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.79 Å / Num. obs: 43826 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→40.132 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 983 5.17 %
Rwork0.2188 --
obs0.2226 18997 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5672 0 0 13 5685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9627877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7665470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057885
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94760.41351550.33552573X-RAY DIFFRACTION97
2.9476-3.13220.36461350.30592603X-RAY DIFFRACTION97
3.1322-3.37390.33641460.27692566X-RAY DIFFRACTION97
3.3739-3.71320.34011220.22852624X-RAY DIFFRACTION96
3.7132-4.250.2521440.18792528X-RAY DIFFRACTION96
4.25-5.35260.23361290.17192580X-RAY DIFFRACTION96
5.3526-40.13640.25911520.18592540X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.6212 Å / Origin y: 9.6315 Å / Origin z: -17.2115 Å
111213212223313233
T0.2654 Å20.0067 Å20.0081 Å2-0.372 Å2-0.0388 Å2--0.3163 Å2
L0.1886 °20.0629 °20.0394 °2-1.2219 °2-0.6299 °2--0.1021 °2
S-0.0383 Å °-0.0266 Å °0.0175 Å °-0.0371 Å °0.0401 Å °-0.1045 Å °0.0268 Å °0.01 Å °-0.0131 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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