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- PDB-5esv: Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5esv
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade C Superinfecting Strain of Donor CAP256.
要素
  • 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
  • CH03 Heavy Chain
  • CH03 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Env / V1V2 / CH0219 / CHAVI / scaffold / CAP256
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex ...2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily ...2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / IgG H chain / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.105 Å
データ登録者Gorman, J. / Yang, M. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of HIV-1 Env V1V2 with broadly neutralizing antibodies reveal commonalities that enable vaccine design.
著者: Gorman, J. / Soto, C. / Yang, M.M. / Davenport, T.M. / Guttman, M. / Bailer, R.T. / Chambers, M. / Chuang, G.Y. / DeKosky, B.J. / Doria-Rose, N.A. / Druz, A. / Ernandes, M.J. / Georgiev, I.S. ...著者: Gorman, J. / Soto, C. / Yang, M.M. / Davenport, T.M. / Guttman, M. / Bailer, R.T. / Chambers, M. / Chuang, G.Y. / DeKosky, B.J. / Doria-Rose, N.A. / Druz, A. / Ernandes, M.J. / Georgiev, I.S. / Jarosinski, M.C. / Joyce, M.G. / Lemmin, T.M. / Leung, S. / Louder, M.K. / McDaniel, J.R. / Narpala, S. / Pancera, M. / Stuckey, J. / Wu, X. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Program, N.C. / Mullikin, J.C. / Baxa, U. / Georgiou, G. / McDermott, A.B. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Moore, P.L. / Morris, L. / Lee, K.K. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CH03 Heavy Chain
B: CH03 Light Chain
C: CH03 Heavy Chain
D: CH03 Light Chain
E: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
F: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
G: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
H: CH03 Heavy Chain
L: CH03 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,23624
ポリマ－218,9889
非ポリマー11,24715
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43310 Å2
ΔGint70 kcal/mol
Surface area82670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.693, 98.211, 170.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 EFG

#3: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160 / MECPS / Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K ...MECPS / Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 13-1 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 18 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 19 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 21 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 24 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 7 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 8 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 9 Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160 / MECPS


分子量: 23142.422 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ...由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: ispF, HI_0671, env / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P44815, UniProt: W6ICC0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

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抗体 , 2種, 6分子 ACHBDL

#1: 抗体 CH03 Heavy Chain


分子量: 26301.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6BGE0
#2: 抗体 CH03 Light Chain


分子量: 23552.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834

-
糖 , 6種, 12分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG8000, .1M CaCl, 20% MPD, .1M Na Acetate pH 5.5, frozen in 15% sucrose as cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 44647 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2247: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TCL, 4TVP and 1VH8

3tcl

4tvp

1vh8


解像度: 3.105→41.987 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 2004 4.49 %
Rwork0.2085 --
obs0.2109 44635 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.105→41.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14297 0 743 4 15044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86920973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7069204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1046-3.18220.35351250.30312796X-RAY DIFFRACTION91
3.1822-3.26830.30081470.27523030X-RAY DIFFRACTION99
3.2683-3.36440.30621300.25063032X-RAY DIFFRACTION100
3.3644-3.47290.30571510.243013X-RAY DIFFRACTION100
3.4729-3.5970.2851360.23643055X-RAY DIFFRACTION100
3.597-3.74090.30191470.22823064X-RAY DIFFRACTION100
3.7409-3.91110.26641400.21283054X-RAY DIFFRACTION100
3.9111-4.11710.27071520.20333056X-RAY DIFFRACTION100
4.1171-4.37480.26991470.18083043X-RAY DIFFRACTION100
4.3748-4.71220.2011460.16713075X-RAY DIFFRACTION100
4.7122-5.18560.18531420.16533083X-RAY DIFFRACTION100
5.1856-5.93410.25521420.19533093X-RAY DIFFRACTION100
5.9341-7.46950.25621490.233084X-RAY DIFFRACTION100
7.4695-41.99130.25551500.20253153X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05640.51250.35421.0509-0.09720.89980.01730.0647-0.242-0.01790.0578-0.09120.11290.103200.2050.01830.01560.187-0.04960.2875-33.469940.699261.8186
20.81980.32220.34220.0181-0.86530.99830.08390.2028-0.0742-0.0879-0.0984-0.02270.0893-0.0382-00.41160.0699-0.01870.4772-0.03050.4501-65.107837.922943.8477
30.83740.0430.58211.5561-0.30770.4058-0.04590.03270.1601-0.07650.025-0.0638-0.22070.11500.3883-0.01340.05590.29650.01050.3581-39.384660.706355.4823
40.59530.19760.53171.6093-0.68180.3657-0.104-0.1682-0.3045-0.0621-0.02580.0745-0.3002-0.33630.00010.35340.11660.02250.5963-0.00940.4767-72.961650.028651.4231
51.588-1.19140.08581.10740.49120.4587-0.2736-0.22680.36160.1362-0.064-0.1504-0.32240.0238-00.9663-0.1051-0.17310.62280.05790.6282-16.350560.940830.361
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71.1457-0.3011.41962.10941.21341.49230.1830.374-0.15310.1906-0.04280.0095-0.06350.000200.6642-0.10230.03370.65790.12480.5244-17.00545.086515.2355
81.21920.07470.24411.1890.03931.0783-0.0012-0.1749-0.2192-0.03180.19520.1746-0.0518-0.239-00.6858-0.0140.04190.84250.1830.5148-49.784356.12765.0062
91.3854-0.95460.09561.0701-0.67460.4178-0.1947-0.04260.11980.080.10660.31290.22230.042100.31110.06260.05650.511-0.09020.4673-1.440536.374569.4529
100.84140.31790.09831.13290.75940.91280.1057-0.47590.12280.0329-0.2361-0.0994-0.0522-0.2099-00.42020.02170.05540.5101-0.01430.427621.151443.620978.9345
11-0.4678-0.00460.4371-0.02540.09620.1164-0.1039-0.0433-0.3743-0.18060.16520.0493-0.40220.296500.5324-0.0575-0.02040.47140.04160.46968.926658.423351.0843
12-0.64940.0885-0.15390.4794-0.18160.0332-0.09070.05790.1686-0.0775-0.0003-0.15950.0681-0.0459-00.3761-0.01680.01220.3077-0.02390.373420.414154.837557.1162
130.55211.40020.18280.30730.65760.5783-0.3198-0.09280.0492-0.06590.1477-0.2532-0.2898-0.2904-0.00010.41210.0431-0.05590.45360.03940.632212.240229.999343.4689
140.7597-0.46320.27011.5857-0.60851.3901-0.0083-0.0053-0.1790.1709-0.0191-0.12250.2585-0.019400.2833-0.03270.0040.28680.00890.456527.878129.769762.7622
151.84240.23320.04430.4854-0.49271.8039-0.1240.17050.1116-0.11190.0698-0.07130.09120.319100.33860.02630.0120.3413-0.03730.335-17.77120.932631.9545
160.6771-0.7339-0.1652-0.30650.30030.97420.13590.46390.3038-0.13780.0044-0.1342-0.0262-0.360500.4955-0.0611-0.00180.65730.05970.4713-51.772225.515619.199
171.76860.1954-0.43670.5381-0.44711.6254-0.0101-0.183-0.04530.0480.04670.00920.1356-0.029800.36130.0307-0.03650.1952-0.05160.3406-31.828615.327547.7743
181.5765-0.3337-0.85620.17680.08922.06230.0330.2062-0.12890.04750.0251-0.12940.5463-0.665300.4321-0.2339-0.04590.54430.00080.3367-58.065311.132224.0111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 110 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 111 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 111 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 110 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 111 through 213 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 111 through 202 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 203 through 326 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 112 through 202 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 203 through 326 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 111 through 200 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 201 through 326 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 1 through 110 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 111 through 213 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 1 through 110 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 111 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る