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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eri | |||||||||
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タイトル | MarR Protein from Peptoclostridium difficile DA00132 | |||||||||
要素 | MarR family transcriptional regulator | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Peptoclostridium difficile / MarR / Transcription factor (転写因子) / DNA-binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Peptoclostridium difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Yuan, H. / Peng, J.W. / Tan, X.S. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2017 タイトル: Crystal structure of the multiple antibiotic resistance regulator MarR from Clostridium difficile. 著者: Peng, J.W. / Yuan, H. / Tan, X.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eri.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eri.ent.gz | 31 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/5eri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/5eri | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1lj9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19549.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) 遺伝子: yybA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A031WDA8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 8~10% 2-Propanol, 0.1 M Tris-Cl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.297→50 Å / Num. obs: 8352 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 77 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 16.87 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LJ9 解像度: 2.3→25.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.833 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.319 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→25.73 Å
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拘束条件 |
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