ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | dev_3339精密化 | XSCALE | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | MoRDa | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4CQB 解像度: 1.95→42.899 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1783 | 2000 | 4.31 % |
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Rwork | 0.1573 | - | - |
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obs | 0.1582 | 46367 | 99.97 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.899 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2857 | 0 | 24 | 376 | 3257 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2987 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.808 | 4068 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.49 | 1811 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.053 | 477 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 540 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.95-1.9988 | 0.219 | 141 | 0.2025 | 3132 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9988-2.0528 | 0.202 | 144 | 0.1757 | 3131 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0528-2.1132 | 0.2057 | 128 | 0.1602 | 3133 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1132-2.1814 | 0.1784 | 142 | 0.1589 | 3142 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1814-2.2594 | 0.1892 | 161 | 0.1532 | 3143 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2594-2.3499 | 0.1784 | 123 | 0.1604 | 3111 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3499-2.4568 | 0.1992 | 131 | 0.1569 | 3174 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4568-2.5863 | 0.2027 | 144 | 0.1662 | 3154 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5863-2.7483 | 0.1978 | 146 | 0.1789 | 3139 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.7483-2.9605 | 0.2258 | 148 | 0.1853 | 3187 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.9605-3.2583 | 0.1786 | 150 | 0.1719 | 3174 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2583-3.7296 | 0.1613 | 141 | 0.1463 | 3187 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.7296-4.6979 | 0.1394 | 139 | 0.1219 | 3220 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.6979-42.9091 | 0.1683 | 162 | 0.1607 | 3340 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 7.0068 | 0.6297 | -3.3794 | 1.9268 | -0.1882 | 3.5278 | 0.1365 | 0.238 | 0.0934 | -0.0634 | -0.0332 | 0.143 | 0.0026 | -0.2787 | -0.0765 | 0.2289 | 0.0722 | -0.0486 | 0.1363 | 0.0059 | 0.1618 | -37.5938 | -13.9187 | -37.9757 | 2 | 1.1283 | 0.6173 | -0.3148 | 1.4579 | -0.6679 | 2.4559 | 0.0812 | -0.0659 | -0.0553 | 0.1452 | -0.0564 | -0.0922 | 0.0506 | -0.011 | -0.0295 | 0.1692 | 0.0402 | -0.0499 | 0.1774 | -0.0032 | 0.1752 | -39.8884 | -23.7729 | -17.0389 | 3 | 0.9739 | -0.2729 | -0.2624 | 1.4995 | -0.0182 | 1.7511 | 0.0142 | 0.0351 | 0.0766 | -0.007 | -0.0385 | -0.1557 | -0.0893 | 0.0336 | 0.0157 | 0.2099 | 0.033 | -0.0092 | 0.2051 | 0.014 | 0.2363 | -33.885 | -8.1211 | -30.8114 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 109 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 110 through 280 )3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 281 through 394 ) | | |
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