PDB-5eqz: Crystal structure of a Rev protein from Borrelia burgdorferi at 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eqz

タイトル

Crystal structure of a Rev protein from Borrelia burgdorferi at 1.80 A resolution

要素

Rev protein

キーワード

TRANSCRIPTION / SSGCID / Borellia burgdorferi / Rev protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Borrelia REV / Borrelia burgdorferi REV protein / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / DNA-templated transcription / Rev protein

機能・相同性情報

生物種

Borrelia burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a Rev protein from Borrelia burgdorferi at 1.80 A resolution
著者: Yano, J.K. / Sullivan, A.H. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / reflns_shell Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eqz.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eqz.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eqz_validation.pdf.gz	408.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eqz_full_validation.pdf.gz	408.8 KB	表示
XML形式データ	5eqz_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	5eqz_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5eqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5eqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5f9i-1 3swy-d 3q69-d 2mg8-d 3e3v-d 1g1j-d 5f9i-2 5y2h-d 5kek-d 2q5u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BobuA.18943.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Rev protein

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.970, 42.510, 64.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.210, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-259- HOH

#1: タンパク質	Rev protein 分子量: 16381.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア) 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_M27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S0B8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: native crystal, MCSG1 condition F03: 20% PEG 3350,0.2 M Ammonium Citrate Dibasic, pH 5.0, BobuA.18943.a.B2.PS02467 at 19.33 mg/ml, cryo 20% EG, tray 266003F3, puck pla5-11. Iodide data ...詳細: native crystal, MCSG1 condition F03: 20% PEG 3350,0.2 M Ammonium Citrate Dibasic, pH 5.0, BobuA.18943.a.B2.PS02467 at 19.33 mg/ml, cryo 20% EG, tray 266003F3, puck pla5-11. Iodide data set,JCSG+ condition A03: 20% Peg 3350, 200 mM Ammonium Citrate Tribasic, BobuA.18943.a.B2.PS02467 at 19.33 mg/ml, cryo 30% EG, 1.5 M NaI, tray 266002A3, puck pla5-6

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: native crystal, MCSG1 condition F03: 20% PEG 3350,0.2 M Ammonium Citrate Dibasic, pH 5.0, BobuA.18943.a.B2.PS02467 at 19.33 mg/ml, cryo 20% EG, tray 266003F3, puck pla5-11. Iodide data ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	1	1.5418
回転陽極	RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU SATURN 944+	1	CCD	2015年9月25日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2015年9月24日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
2	Rigaku VariMax	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
1	Rigaku VariMax	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 292969 / R_merge(I) obs: 0.034 / Χ²: 1.8 / D res high: 2 Å / Num. obs: 21278 / % possible obs: 98.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
8.94	50	234	1	0.029
6.32	8.94	431	1	0.023
5.16	6.32	547	1	0.026
4.47	5.16	680	1	0.024
4	4.47	774	1	0.021
3.65	4	845	1	0.023
3.38	3.65	919	1	0.025
3.16	3.38	969	1	0.027
2.98	3.16	1037	1	0.029
2.83	2.98	1131	1	0.034
2.7	2.83	1176	1	0.04
2.58	2.7	1223	1	0.046
2.48	2.58	1285	1	0.055
2.39	2.48	1285	1	0.062
2.31	2.39	1406	1	0.066
2.24	2.31	1411	1	0.08
2.17	2.24	1454	1	0.097
2.11	2.17	1509	1	0.108
2.05	2.11	1507	1	0.138
2	2.05	1455	1	0.168

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 15025 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.15 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.03 / R_rim(I) all: 0.032 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 34.87 / Num. measured all: 101069

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	4.9	0.952	0.519	3.49	5115	1138	1053	0.578	92.5
1.85-1.9		0.96	0.413	4.31	4976	1085	1018	0.459	93.8
1.9-1.95		0.98	0.295	5.79	5082	1053	1012	0.328	96.1
1.95-2.01		0.987	0.228	7.47	5291	1070	1033	0.253	96.5
2.01-2.08		0.991	0.143	11.78	4917	960	952	0.159	99.2
2.08-2.15		0.994	0.109	14.87	5134	979	969	0.121	99
2.15-2.23		0.996	0.086	18.46	5151	951	950	0.095	99.9
2.23-2.32		0.998	0.064	25.53	5147	886	888	0.07	100
2.32-2.43		0.998	0.06	27.4	5244	860	855	0.065	99.4
2.43-2.55		0.999	0.052	31.69	5379	837	837	0.057	100
2.55-2.68		0.999	0.042	38.48	5434	796	795	0.046	99.9
2.68-2.85		0.999	0.038	45.59	5340	733	734	0.041	100
2.85-3.04		1	0.031	55.14	5657	721	715	0.034	99.2
3.04-3.29		1	0.027	68.34	5708	649	647	0.029	99.7
3.29-3.6		1	0.025	87.14	6464	607	607	0.026	100
3.6-4.02		1	0.021	93.68	5991	553	552	0.022	99.8
4.02-4.65		1	0.018	99.37	5394	493	494	0.019	100
4.65-5.69		1	0.019	94.16	4369	407	402	0.02	98.8
5.69-8.05		1	0.019	88.97	3524	335	333	0.02	99.4
8.05-50		0.999	0.018	98.46	1752	185	179	0.019	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	1474	9.81 %
R_work	0.2034	13545	-
obs	0.2071	15019	98.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.44 Å² / B_iso mean: 33.2544 Å² / B_iso min: 14.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1054	0	0	109	1163
B_iso mean	-	-	-	37.59	-
残基数	-	-	-	-	138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.716	1436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.25	667

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8581	0.2962	122	0.2615	1156	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8581-1.9245	0.3289	143	0.2609	1194	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9245-2.0015	0.2998	136	0.2489	1159	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0015-2.0926	0.2723	124	0.226	1240	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0926-2.2029	0.2565	120	0.2234	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2029-2.3409	0.2937	145	0.2225	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3409-2.5216	0.2712	142	0.2106	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5216-2.7753	0.254	138	0.2145	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7753-3.1766	0.2622	134	0.2103	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1766-4.0013	0.2122	133	0.1793	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0013-50	0.1855	137	0.1773	1301	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4134	-0.1784	-0.3272	1.8757	-1.0531	2.298	0.0175	-0.0295	-0.1781	0.184	-0.0799	0.1428	0.0808	-0.3955	0.0789	0.1531	-0.0145	-0.013	0.2169	-0.0363	0.1785	23.0664	-0.4923	-4.0531
2	0.7474	-0.7855	-0.6762	1.3349	-0.4391	2.276	0.3749	0.3762	0.1403	-0.1438	-0.0175	-0.0574	-1.415	-1.0492	0.0759	0.2839	0.1065	0.0154	0.3158	0.0144	0.2038	23.307	7.5238	-21.4655
3	2.9311	0.2187	-1.9904	3.0124	1.088	7.731	0.0095	0.2094	0.0542	-0.4225	-0.0133	-0.3778	0.0996	-0.2912	-0.0941	0.1936	0.0097	0.0306	0.2498	-0.0015	0.1798	30.6708	-0.6148	-39.9417
4	6.8403	-0.7801	-5.1496	2.6234	0.0076	4.2329	-0.0919	0.5212	-0.3486	-0.0148	-0.2012	0.3914	0.0634	-1.7483	0.0368	0.2026	0.0188	-0.0223	0.7385	-0.1065	0.2785	19.1846	-0.7288	-32.9913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 68 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 108 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 109 through 135 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 136 through 157 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)