PDB-5eqy: Crystal structure of choline kinase alpha-1 bound by 5-[(4-methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eqy

タイトル

Crystal structure of choline kinase alpha-1 bound by 5-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]-2-[4-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]phenyl]benzenecarbonitrile (compound 65)

要素

Choline kinase alpha

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / inhibitor / drug target / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhou, T. / Zhu, X. / Dalgarno, D.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Novel Small Molecule Inhibitors of Choline Kinase Identified by Fragment-Based Drug Discovery.
著者: Zech, S.G. / Kohlmann, A. / Zhou, T. / Li, F. / Squillace, R.M. / Parillon, L.E. / Greenfield, M.T. / Miller, D.P. / Qi, J. / Thomas, R.M. / Wang, Y. / Xu, Y. / Miret, J.J. / Shakespeare, W.C. ...

履歴

登録	2015年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eqy.cif.gz	160.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eqy.ent.gz	124.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eqy_validation.pdf.gz	853.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eqy_full_validation.pdf.gz	873.8 KB	表示
XML形式データ	5eqy_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	5eqy_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5eqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5eqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eqeC 5eqpC 3g15S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5w6o-d 4br3-d 4da5-d 5afv-d 3zm9-d 5ftg-1 3f2r-d 5eqe-d 3feg-1 4cg8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choline kinase alpha

B: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

94.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.523, 121.532, 130.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Choline kinase alpha / CK / CHETK-alpha / Ethanolamine kinase / EK 分子量: 46856.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物	ChemComp-5RA / 5-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]-2-[4-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]phenyl]benzenecarbonitrile 分子量: 431.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium formate, 8-12% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31277 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.038 / Net I/av σ(I): 22.929 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 185192

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	5.1	0.668	30840	0.903	99.9
2.59-2.69	5.8	0.565	3074	0.894	100
2.69-2.82	6	0.411	3089	0.949	100
2.82-2.96	6.1	0.314	3126	1.017	100
2.96-3.15	6.1	0.218	3078	1.055	100
3.15-3.39	6.1	0.146	3131	1.138	100
3.39-3.73	6	0.088	3148	1.361	99.9
3.73-4.27	6.1	0.052		1.173	100
4.27-5.38	6.1	0.036	3168	0.975	99.4
5.38-50	5.9	0.026	3238	0.875	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
CNX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
CNX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G15

3g15

解像度: 2.5→50 Å / FOM work R set: 0.787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2766	1466	4.7 %
R_work	0.2227	28076	-
obs	-	29542	94.2 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.1 Å² / B_iso mean: 49.9295 Å² / B_iso min: 18.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.268 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.258 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5841	0	132	7	5980
B_iso mean	-	-	49.23	36.02	-
残基数	-	-	-	-	703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.51	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.13	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.618	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.312	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.5-2.53	0.5193	43	0.3943	858	901
2.53-2.56	0.5004	45	0.402	851	896
2.56-2.59	0.4671	42	0.3621	868	910
2.59-2.63	0.4053	51	0.3627	891	942
2.63-2.66	0.4691	39	0.3464	930	969
2.66-2.7	0.3688	45	0.3061	880	925
2.7-2.74	0.2509	46	0.2683	924	970
2.74-2.78	0.2776	48	0.2618	965	1013
2.78-2.83	0.2854	41	0.2603	936	977
2.83-2.88	0.352	59	0.273	931	990
2.88-2.93	0.3285	51	0.2724	967	1018
2.93-2.99	0.3048	53	0.2434	930	983
2.99-3.05	0.3432	54	0.2583	976	1030
3.05-3.11	0.2653	46	0.227	987	1033
3.11-3.19	0.2955	40	0.2572	984	1024
3.19-3.27	0.4063	47	0.2594	999	1046
3.27-3.35	0.312	57	0.2586	977	1034
3.35-3.45	0.3064	58	0.2578	1007	1065
3.45-3.56	0.2716	51	0.2305	996	1047
3.56-3.69	0.28	69	0.213	1005	1074
3.69-3.84	0.2619	41	0.2016	991	1032
3.84-4.01	0.23	54	0.1959	1001	1055
4.01-4.23	0.2818	50	0.1928	1023	1073
4.23-4.49	0.2558	59	0.1816	1020	1079
4.49-4.84	0.1951	66	0.1675	1008	1074
4.84-5.32	0.2831	47	0.1829	1040	1087
5.32-6.09	0.2199	61	0.2179	1040	1101
6.09-7.67	0.2663	51	0.1988	1038	1089
7.67-50	0.1902	52	0.168	1053	1105

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param
X-RAY DIFFRACTION	5	AP30072_B_new.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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