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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ep9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the non-heme alpha ketoglutarate dependent epimerase SnoN from nogalamycin biosynthesis | |||||||||
![]() | SnoN,Epimerase SnoN | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / polyketide biosynthesis / iron center | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Selvaraj, B. / Lindqvist, Y. / Niiranen, L. / Siitonen, V. / Metsa-Ketela, M. / Schneider, G. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Divergent non-heme iron enzymes in the nogalamycin biosynthetic pathway. 著者: Siitonen, V. / Selvaraj, B. / Niiranen, L. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Metsa-Ketela, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 402.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 329.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 17 - 272 / Label seq-ID: 29 - 284
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33079.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: snoN / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-AKG / #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG3350, ammonium acetate, Bis-Tris, ammonium ferric citrate, alpha ketoglutarate, sodium chloride PH範囲: 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→47.8 Å / Num. all: 379883 / Num. obs: 76968 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.995 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ensemble of 2opw, 2a1x, 2fct 解像度: 2.13→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 9.825 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.491 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.13→47.8 Å
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拘束条件 |
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