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万見

- PDB-6ojb: Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Ega3 complex with gala... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ojb

タイトル

Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Ega3 complex with galactosamine

要素

Endo alpha-1,4 polygalactosaminidase

キーワード

HYDROLASE / galactosaminidase / (beta/alpha)-barrel / glycoside hydrolase

機能・相同性

Glycoside-hydrolase family GH114, TIM-barrel domain / Glycoside-hydrolase family GH114 / raffinose alpha-galactosidase activity / alpha-galactosidase / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / membrane / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / alpha-galactosidase

機能・相同性情報

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Bamford, N.C. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Ega3 from the fungal pathogenAspergillus fumigatusis an endo-alpha-1,4-galactosaminidase that disrupts microbial biofilms.
著者: Bamford, N.C. / Le Mauff, F. / Subramanian, A.S. / Yip, P. / Millan, C. / Zhang, Y. / Zacharias, C. / Forman, A. / Nitz, M. / Codee, J.D.C. / Uson, I. / Sheppard, D.C. / Howell, P.L.

履歴

登録	2019年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ojb.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ojb.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ojb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ojb_validation.pdf.gz	530.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ojb_full_validation.pdf.gz	534.6 KB	表示
XML形式データ	6ojb_validation.xml.gz	2.7 KB	表示
CIF形式データ	6ojb_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6oj1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wl5-d 3si2-d 6oj1-d 4y6u-d 1iqi-d 3e25-d 3wwe-d 5jt0-d 1c5m-d 5jud-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Endo alpha-1,4 polygalactosaminidase

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.891, 48.174, 163.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 170分子 A

#1: タンパク質	Endo alpha-1,4 polygalactosaminidase / Ega3 分子量: 32224.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_3G07890 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q4WX16
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Endo alpha-1,4 polygalactosaminidase / Ega3

分子量: 32224.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_3G07890 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q4WX16

#7: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2[DManpa1-6]DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_d6-f1_g3-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1_d6-f1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 糖

ChemComp-X6X / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactosamine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-amino-2-deoxy-D-galactose / 2-amino-2-deoxy-galactose / α-D-ガラクトサミン

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpN	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalN	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.45 % / 解説: long rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.0 and 20 % (v/v) PEG 8000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9996 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→28.13 Å / Num. obs: 21680 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.83 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 11.25
反射シェル	解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.7522 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 2108 / CC_1/2: 0.956 / R_pim(I) all: 0.303 / R_rim(I) all: 0.812 / % possible all: 98.64

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OJ1

6oj1

解像度: 2.093→28.127 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 21.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	2010	9.27 %
R_work	0.1679	-	-
obs	0.172	21673	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.21 Å² / B_iso mean: 36.1283 Å² / B_iso min: 12.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.093→28.127 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1958	0	245	169	2372
B_iso mean	-	-	62.59	40.51	-
残基数	-	-	-	-	251

LS精密化シェル

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