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- PDB-5eon: Crystal structure of a de novo antiparallel coiled-coil hexamer -... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eon
タイトルCrystal structure of a de novo antiparallel coiled-coil hexamer - ACC-Hex
要素ACC-Hex
キーワードDE NOVO PROTEIN / hexamer / coiled-coil / antiparallel
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Spencer, R.K. / Hochbaum, A.I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: X-ray Crystallographic Structure and Solution Behavior of an Antiparallel Coiled-Coil Hexamer Formed by de Novo Peptides.
著者: Spencer, R.K. / Hochbaum, A.I.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 2.02022年12月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACC-Hex
B: ACC-Hex
C: ACC-Hex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0563
ポリマ－10,0563
非ポリマー00
水1,820101
1
A: ACC-Hex
B: ACC-Hex
C: ACC-Hex

A: ACC-Hex
B: ACC-Hex
C: ACC-Hex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1126
ポリマ－20,1126
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.256, 59.256, 52.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-119-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ACC-Hex


分子量: 3351.995 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1 M Na formate, pH 7.3, PEG 3350 29%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.696→32.754 Å / Num. obs: 10805 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.696→1.757 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EOJ

5eoj


解像度: 1.696→32.754 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 1080 10 %
Rwork0.198 --
obs0.2003 10797 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.696→32.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数717 0 0 101 818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3891054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.116476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6963-1.77350.28131270.25231145X-RAY DIFFRACTION97
1.7735-1.8670.26761330.22411195X-RAY DIFFRACTION100
1.867-1.98390.24471330.2431199X-RAY DIFFRACTION100
1.9839-2.13710.22331330.19271196X-RAY DIFFRACTION100
2.1371-2.35210.22781340.18371203X-RAY DIFFRACTION100
2.3521-2.69230.20781360.18061224X-RAY DIFFRACTION100
2.6923-3.39150.19021370.18021235X-RAY DIFFRACTION100
3.3915-32.75970.23451470.20951320X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7344-0.81480.71393.9031-1.23612.7352-0.142-0.0308-0.01740.0895-0.0213-0.2952-0.21820.46510.18720.1197-0.02220.00370.14520.07870.3041-5.8328-13.06191.2028
22.04611.0153-1.76982.3988-0.91624.2903-0.1391-0.0756-0.23970.29520.0855-0.0450.14190.31850.16230.12160.03680.02070.13940.06740.321-7.8566-19.8851-1.9469
33.3639-0.5468-1.69261.79081.38312.6650.02850.1676-0.17430.18730.14420.01670.5308-0.24730.12960.183-0.0141-0.0120.11750.06510.3187-17.43-22.7321.2605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 2 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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