ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化 XDSデータ削減 XSCALEデータスケーリング AutoSol位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2.115→38.608 Å / SU ML : 0.19 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.33 / 位相誤差 : 30.35 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2753 543 5.06 % Rwork 0.2441 - - obs 0.2456 10729 98.02 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.115→38.608 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 711 0 0 8 719
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.002 758 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.638 1011 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d18.868 452 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.082 105 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.002 129
LS精密化 シェル 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)2.1151-2.328 0.3155 123 0.2836 2413 X-RAY DIFFRACTION 93 2.328-2.6648 0.3316 139 0.272 2598 X-RAY DIFFRACTION 100 2.6648-3.357 0.3386 138 0.2713 2595 X-RAY DIFFRACTION 100 3.357-38.6139 0.2334 143 0.2204 2580 X-RAY DIFFRACTION 100
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.5124 2.9628 3.4767 4.0222 4.4652 6.1745 0.0638 0.5023 -0.4121 0.6433 -0.0204 -0.6209 0.4134 0.7694 -0.2488 0.5309 0.1371 0.0171 0.5191 0.0826 0.4613 21.2015 14.1005 -11.8657 2 2.7077 3.3253 0.9684 5.5857 2.1865 2.1852 0.0847 -0.3754 0.2619 0.4693 -0.3439 0.7899 -0.2654 -0.174 0.2068 0.5257 0.1147 -0.0358 0.388 0.0641 0.3101 17.9352 25.0858 -5.686 3 5.4757 3.2737 -1.7641 6.2432 -2.9491 0.7103 0.327 -0.6125 0.0953 0.788 -0.3797 0.4166 -0.3769 -0.2486 -0.0813 0.7008 0.121 0.0366 0.6315 -0.0071 0.3389 9.7147 25.1662 -8.9257
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 2 through 30 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'B' and (resid 2 through 30 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'C' and (resid 2 through 30 )