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- PDB-5enz: S. aureus MnaA-UDP co-structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5enz
タイトルS. aureus MnaA-UDP co-structure
要素UDP-GlcNAc 2-epimerase
キーワードISOMERASE / SUGAR-NUCLEOTIDE EPIMERASE / ROSSMANN FOLD / TWO DOMAINS / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE SUPERFAMILY / UDP / DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-GlcNAc 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Chemical Genetic Analysis and Functional Characterization of Staphylococcal Wall Teichoic Acid 2-Epimerases Reveals Unconventional Antibiotic Drug Targets.
著者: Mann, P.A. / Muller, A. / Wolff, K.A. / Fischmann, T. / Wang, H. / Reed, P. / Hou, Y. / Li, W. / Muller, C.E. / Xiao, J. / Murgolo, N. / Sher, X. / Mayhood, T. / Sheth, P.R. / Mirza, A. / ...著者: Mann, P.A. / Muller, A. / Wolff, K.A. / Fischmann, T. / Wang, H. / Reed, P. / Hou, Y. / Li, W. / Muller, C.E. / Xiao, J. / Murgolo, N. / Sher, X. / Mayhood, T. / Sheth, P.R. / Mirza, A. / Labroli, M. / Xiao, L. / McCoy, M. / Gill, C.J. / Pinho, M.G. / Schneider, T. / Roemer, T.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-GlcNAc 2-epimerase
B: UDP-GlcNAc 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,00911
ポリマ－87,3782
非ポリマー1,6319
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.190, 82.780, 170.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-GlcNAc 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase


分子量: 43688.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mnaA, mnaA_2, AL078_07320, AM595_10995, EQ80_010635, ER12_010620, ERS365775_02407, ERS410449_02295, ERS411009_02507, ERS411017_02562, ERS445051_02067, ERS445052_01290, RL02_00620, RT87_ ...遺伝子: mnaA, mnaA_2, AL078_07320, AM595_10995, EQ80_010635, ER12_010620, ERS365775_02407, ERS410449_02295, ERS411009_02507, ERS411017_02562, ERS445051_02067, ERS445052_01290, RL02_00620, RT87_10865, SAFDA_1985, TM61_09075
プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9REV4, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)

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非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% v/v PEG 400 0.1M Li2SO4, 0.1M NaCacodylate pH 6.5, 4mM Na2UDP
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→170.88 Å / Num. obs: 60512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 370100
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.91-2.146.20.3694.8104877169620.9520.161100
4.27-170.885.80.02167.933064573110.00999.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F6D

1f6d


解像度: 1.91→74.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9397 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9275 / SU R Cruickshank DPI: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 3062 5.07 %RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2049 60432 99.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8066 Å20 Å20 Å2
2---10.0876 Å20 Å2
3---6.281 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.251 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→74.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5843 0 99 187 6129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111964HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0421660HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2703SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1699HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11964HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion798SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12942SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 226 5.26 %
Rwork0.2097 4067 -
all0.2109 4293 -
obs--97.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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