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- PDB-5emw: Crystal structure of the palmitoylated human TEAD3 transcription ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5emw
タイトルCrystal structure of the palmitoylated human TEAD3 transcription factor
要素Transcriptional enhancer factor TEF-5
キーワードTRANSCRIPTION / palmitoylated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain ...Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional enhancer factor TEF-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Noland, C.L. / Gierke, S. / Schnier, P.D. / Murray, J. / Sandoval, W.N. / Sagolla, M. / Dey, A. / Hannoush, R.N. / Fairbrother, W.J. / Cunningham, C.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Palmitoylation of TEAD Transcription Factors Is Required for Their Stability and Function in Hippo Pathway Signaling.
著者: Noland, C.L. / Gierke, S. / Schnier, P.D. / Murray, J. / Sandoval, W.N. / Sagolla, M. / Dey, A. / Hannoush, R.N. / Fairbrother, W.J. / Cunningham, C.N.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6676
ポリマ－100,5874
非ポリマー802
水2,990166
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1471
ポリマ－25,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1872
ポリマ－25,1471
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1471
ポリマ－25,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1872
ポリマ－25,1471
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.310, 123.530, 150.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional enhancer factor TEF-5 / DTEF-1 / TEA domain family member 3 / TEAD-3


分子量: 25146.785 Da / 分子数: 4 / 断片: YAP binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD3, TEAD5, TEF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99594
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM Sodium Acetate, 100 mM Calcium acetate, 12% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→95.54 Å / Num. obs: 38149 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA0.5.9データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMV

5emv


解像度: 2.55→95.54 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1922 5.05 %
Rwork0.184 --
obs0.186 38097 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→95.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6665 0 2 166 6833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6749210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9772496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281017
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.61380.28431590.24992586X-RAY DIFFRACTION96
2.6138-2.68450.34761370.24092603X-RAY DIFFRACTION96
2.6845-2.76350.27431290.2392629X-RAY DIFFRACTION97
2.7635-2.85270.26941370.22452573X-RAY DIFFRACTION94
2.8527-2.95460.24861440.21762589X-RAY DIFFRACTION96
2.9546-3.07290.25281280.21012612X-RAY DIFFRACTION96
3.0729-3.21280.26831340.20262599X-RAY DIFFRACTION95
3.2128-3.38220.21411330.19832581X-RAY DIFFRACTION95
3.3822-3.59410.24571550.17382557X-RAY DIFFRACTION94
3.5941-3.87160.22881370.17182554X-RAY DIFFRACTION93
3.8716-4.26120.20041550.16012570X-RAY DIFFRACTION94
4.2612-4.87780.1461260.13332575X-RAY DIFFRACTION92
4.8778-6.14540.18641100.16782564X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5602-1.29180.30543.3137-1.0132.5962-0.0083-0.15410.0840.1949-0.0456-0.30210.00430.0520.03270.1987-0.0563-0.04930.2328-0.06460.29031.4563-6.43523.3701
21.51040.21420.12291.65730.15363.59770.0298-0.1970.23450.0613-0.0493-0.2576-0.21060.04150.02910.1994-0.0037-0.02650.2859-0.02130.3044-2.1189-4.491223.2392
32.7844-1.59190.78424.544-1.09421.4292-0.05730.24320.17370.3793-0.010.08830.0054-0.10120.10370.2273-0.0670.00180.2998-0.00290.2403-28.8083-14.856727.076
41.59210.56-0.52341.9505-0.08023.2777-0.06550.0184-0.03870.1365-0.00310.10470.1546-0.1860.0840.1957-0.0119-0.0160.2568-0.04660.237-25.3542-16.216429.2012
52.40091.71181.54763.23951.22793.5041-0.02130.26190.05-0.17550.05180.0606-0.1975-0.1225-0.00870.15110.05750.04690.3121-0.00340.2429-13.24040.864-10.8882
61.06610.13930.25962.5484-0.84743.1144-0.04480.12970.171-0.01680.04030.1025-0.208-0.12410.05420.183-0.00030.02360.2815-0.03760.2484-9.6491.9837-10.5709
72.59-0.16860.08951.95140.72943.0174-0.0181-0.50780.6562-0.2504-0.0349-0.2867-0.33430.312-0.02220.25440.00310.07720.3447-0.07330.581617.8381-5.8918-18.0031
82.8288-0.0871-0.44471.999-0.77263.36020.0010.05790.3607-0.26950.0467-0.33940.0810.2513-0.15890.24560.01640.07090.2747-0.00940.422912.8739-6.2895-20.4079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 222 THROUGH 293 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 294 THROUGH 437 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 222 THROUGH 293 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 294 THROUGH 437 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'C' AND (RESID 222 THROUGH 293 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'C' AND (RESID 294 THROUGH 438 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'D' AND (RESID 223 THROUGH 304 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'D' AND (RESID 305 THROUGH 437 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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