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- PDB-5ell: Crystal structure of L-aspartate/glutamate-specific racemase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ell
タイトルCrystal structure of L-aspartate/glutamate-specific racemase from Escherichia coli
要素Asp/Glu_racemase family protein
キーワードISOMERASE / Asp/Glu racemase / L-form specific racemase / amino acid enantiomers
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate racemase / aspartate racemase activity / amino-acid racemase / amino-acid racemase activity / glutamate racemase / glutamate racemase activity / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / : / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-aspartate/glutamate-specific racemase / Amino acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Ahn, J.W. / Chang, J.H. / Kim, K.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
韓国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for an atypical active site of an l-aspartate/glutamate-specific racemase from Escherichia coli
著者: Ahn, J.W. / Chang, J.H. / Kim, K.J.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp/Glu_racemase family protein
B: Asp/Glu_racemase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8102
ポリマ－52,8102
非ポリマー00
水11,079615
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.172, 147.859, 82.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21A-471-

HOH

31A-473-

HOH

41A-543-

HOH

51A-622-

HOH

61B-467-

HOH

71B-541-

HOH

81B-564-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Asp/Glu_racemase family protein / Aspartate racemase / Putative racemase / Putative resistance proteins / Racemase / Strain O157 ...Aspartate racemase / Putative racemase / Putative resistance proteins / Racemase / Strain O157 SvETEC scaffold16.1 / whole genome shotgun sequence


分子量: 26405.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C3SWD2, UniProt: A0A140N890*PLUS, aspartate racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M ammonium nitrate, 14~16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 46553 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 23.53
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JFL

1jfl


解像度: 1.801→25.687 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 17.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 2277 5.08 %
Rwork0.164 --
obs0.166 44813 96.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→25.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3603 0 0 616 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.954952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.791334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.801-1.84020.27751150.25452425X-RAY DIFFRACTION88
1.8402-1.8830.27741360.23142509X-RAY DIFFRACTION92
1.883-1.930.24261420.2162499X-RAY DIFFRACTION92
1.93-1.98220.21961350.1952578X-RAY DIFFRACTION95
1.9822-2.04050.22721330.18652622X-RAY DIFFRACTION95
2.0405-2.10630.23991360.17612638X-RAY DIFFRACTION95
2.1063-2.18160.22921320.16582654X-RAY DIFFRACTION97
2.1816-2.26890.20191220.15942695X-RAY DIFFRACTION97
2.2689-2.37210.2191560.15442684X-RAY DIFFRACTION98
2.3721-2.4970.19471440.15592672X-RAY DIFFRACTION98
2.497-2.65330.18321520.14542689X-RAY DIFFRACTION97
2.6533-2.8580.20731390.15352722X-RAY DIFFRACTION99
2.858-3.14510.18141360.15132758X-RAY DIFFRACTION99
3.1451-3.59910.18211540.1422750X-RAY DIFFRACTION99
3.5991-4.53050.16461700.12942781X-RAY DIFFRACTION99
4.5305-25.68990.20341750.18652860X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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