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万見
- PDB-4nz9: Crystal Structure of FabI from S. aureus in complex with a novel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nz9
タイトルCrystal Structure of FabI from S. aureus in complex with a novel benzimidazole inhibitor
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Rossman Fold / Reductase / NADPH / Reduction / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1JT / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mehboob, S. / Johnson, M.E. / Santarsiero, B.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: To be published
著者: Mehboob, S. / Truong, L. / Santarsiero, B.D. / Johnson, M.E.
履歴
登録2013年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2396
ポリマ－61,1392
非ポリマー2,1004
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22910 Å2
手法PISA
2
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2396
ポリマ－61,1392
非ポリマー2,1004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
3
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2396
ポリマ－61,1392
非ポリマー2,1004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.545, 61.034, 112.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / ENR


分子量: 30569.650 Da / 分子数: 2 / 断片: Enoyl reductase / 変異: wild type / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: fabi, SAUSA300_0912 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q2FI66, UniProt: A0A0H2XIJ1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific)
#2: 化合物 ChemComp-1JT / 1-(4-methoxy-3-methylbenzyl)-5,6,7,8-tetrahydro-1H-naphtho[2,3-d]imidazole


分子量: 306.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N2O
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 40% PEG400, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→20 Å / Num. obs: 29318 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 12.07
反射 シェル解像度: 2.18→2.31 Å / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UIC

3uic


解像度: 2.3→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 8.109 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27778 1265 5 %RANDOM
Rwork0.22571 ---
obs0.22829 24060 99.78 %-
all-25325 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.635 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3918 0 142 133 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9895591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9895507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80725.055182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34715716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0311522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023218
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 74 -
Rwork0.27 1593 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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