PDB-5el0: Crystal structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5el0

タイトル

Crystal structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Brucella ovis in complex with a partially ordered NAD

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Brucella ovis / brucellosis / short chain dehydrogenase/reductase family / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella ovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Brucella ovis in complex with a partially ordered NAD
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5el0.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5el0.ent.gz	78.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5el0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5el0_validation.pdf.gz	790.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5el0_full_validation.pdf.gz	791.1 KB	表示
XML形式データ	5el0_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	5el0_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/5el0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/5el0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x54S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jg4-d 1jjt-2 2mjl-d 1ia3-1 5p9p-d 4knl-1 6qgn-4 5tkf-2 5qcc-2 4knl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrovA.01365.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.350, 99.930, 100.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family 分子量: 29888.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア) 株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: BOV_0113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AQ75
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Mycrolytic MCSG1 screen, A10: 28% polypropylene glycol, 200mM CaCl2, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5; BrovA.01365.b.B1.PS02128 at 19mg/ml, 3mM NADP; cryo: 15% PEG 400; tray 259821a10; puck hmh25-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 23344 / Num. obs: 23244 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.05 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.045 / Χ²: 0.987 / Net I/σ(I): 33.26 / Num. measured all: 235383

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	6.01	0.902	0.52	3.15	10204	1700	1699	0.57	99.9
1.9-1.95		0.936	0.392	4.37	10194	1643	1640	0.428	99.8
1.95-2.01		0.967	0.274	6.33	10449	1618	1615	0.298	99.8
2.01-2.07		0.975	0.216	8.28	10464	1567	1566	0.234	99.9
2.07-2.14		0.988	0.172	11.12	11222	1542	1541	0.186	99.9
2.14-2.21		0.993	0.134	16.68	12695	1453	1447	0.143	99.6
2.21-2.29		0.995	0.124	19	13397	1435	1421	0.131	99
2.29-2.39		0.997	0.098	23.66	13275	1352	1342	0.104	99.3
2.39-2.49		0.998	0.087	26.58	13516	1321	1305	0.091	98.8
2.49-2.62		0.998	0.077	29.96	14089	1280	1276	0.081	99.7
2.62-2.76		0.999	0.068	34.99	14496	1196	1185	0.071	99.1
2.76-2.93		0.999	0.06	42.32	16147	1148	1138	0.062	99.1
2.93-3.13		0.999	0.048	51.98	15514	1081	1076	0.05	99.5
3.13-3.38		0.999	0.038	62.59	14190	994	991	0.039	99.7
3.38-3.7		1	0.03	78.24	13441	935	934	0.031	99.9
3.7-4.14		1	0.027	87.13	11990	855	848	0.028	99.2
4.14-4.78		1	0.022	97.93	10492	752	752	0.023	100
4.78-5.85		1	0.024	90.7	9104	651	651	0.025	100
5.85-8.27		1	0.026	88.76	6934	512	512	0.027	100
8.27-50		0.999	0.019	103.89	3570	309	305	0.02	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	dev_2210	精密化
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: native structure, PDB entry 4X54

4x54

解像度: 1.85→47.12 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1942	1916	8.24 %	Random selection
R_work	0.163	21328	-	-
obs	0.1656	23244	99.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.77 Å² / B_iso mean: 31.4154 Å² / B_iso min: 10.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1622	0	40	157	1819
B_iso mean	-	-	37.49	38.15	-
残基数	-	-	-	-	223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1726
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.545	1050

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8501-1.8963	0.3469	163	0.2626	1474	1637	100
1.8963-1.9476	0.2737	128	0.2184	1507	1635	100
1.9476-2.0049	0.2099	112	0.177	1515	1627	100
2.0049-2.0696	0.2051	140	0.1764	1509	1649	100
2.0696-2.1436	0.2	141	0.1687	1510	1651	100
2.1436-2.2294	0.1802	140	0.1588	1513	1653	99
2.2294-2.3309	0.1871	133	0.1578	1496	1629	99
2.3309-2.4538	0.2219	147	0.1502	1484	1631	99
2.4538-2.6075	0.1949	141	0.1605	1524	1665	99
2.6075-2.8088	0.1855	126	0.1719	1524	1650	99
2.8088-3.0914	0.2193	122	0.1624	1520	1642	99
3.0914-3.5386	0.1887	147	0.1559	1540	1687	100
3.5386-4.4578	0.1607	123	0.1364	1587	1710	100
4.4578-47.1353	0.1777	153	0.1706	1625	1778	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3932	-2.4166	-1.0981	2.5497	0.5323	6.4987	-0.0291	-0.1235	0.3382	-0.0179	-0.0611	0.1329	-0.3663	-0.3327	0.1214	0.1809	0.0283	0.0224	0.1697	-0.0831	0.257	12.9793	223.0978	218.3611
2	5.7732	-0.4359	-0.3098	4.9656	0.2921	3.2551	-0.0742	0.1835	0.5699	-0.3687	0.08	0.6228	-0.568	-0.5304	0.0149	0.3099	0.0809	-0.0167	0.2356	0.0143	0.2333	15.179	221.1759	206.0777
3	1.9585	0.0324	0.1511	3.6358	0.6282	1.6328	-0.004	-0.3717	0.2012	0.2363	0.0551	0.133	-0.0935	-0.0661	-0.0475	0.1212	0.0188	0.0184	0.2015	-0.0402	0.1221	21.1599	209.6397	220.0816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 57 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 99 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 100 through 263 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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