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万見
- PDB-5el0: Crystal structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5el0
タイトルCrystal structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Brucella ovis in complex with a partially ordered NAD
要素Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Brucella ovis / brucellosis / short chain dehydrogenase/reductase family / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella ovis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an Oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Brucella ovis in complex with a partially ordered NAD
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6723
ポリマ－29,8891
非ポリマー7832
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.350, 99.930, 100.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family


分子量: 29888.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア)
株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: BOV_0113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AQ75
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Mycrolytic MCSG1 screen, A10: 28% polypropylene glycol, 200mM CaCl2, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5; BrovA.01365.b.B1.PS02128 at 19mg/ml, 3mM NADP; cryo: 15% PEG 400; tray 259821a10; puck hmh25-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 23344 / Num. obs: 23244 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 23.05 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 33.26 / Num. measured all: 235383
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.85-1.96.010.9020.523.1510204170016990.5799.9
1.9-1.950.9360.3924.3710194164316400.42899.8
1.95-2.010.9670.2746.3310449161816150.29899.8
2.01-2.070.9750.2168.2810464156715660.23499.9
2.07-2.140.9880.17211.1211222154215410.18699.9
2.14-2.210.9930.13416.6812695145314470.14399.6
2.21-2.290.9950.1241913397143514210.13199
2.29-2.390.9970.09823.6613275135213420.10499.3
2.39-2.490.9980.08726.5813516132113050.09198.8
2.49-2.620.9980.07729.9614089128012760.08199.7
2.62-2.760.9990.06834.9914496119611850.07199.1
2.76-2.930.9990.0642.3216147114811380.06299.1
2.93-3.130.9990.04851.9815514108110760.0599.5
3.13-3.380.9990.03862.59141909949910.03999.7
3.38-3.710.0378.24134419359340.03199.9
3.7-4.1410.02787.13119908558480.02899.2
4.14-4.7810.02297.93104927527520.023100
4.78-5.8510.02490.791046516510.025100
5.85-8.2710.02688.7669345125120.027100
8.27-500.9990.019103.8935703093050.0298.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXdev_2210精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native structure, PDB entry 4X54

4x54


解像度: 1.85→47.12 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1942 1916 8.24 %Random selection
Rwork0.163 21328 --
obs0.1656 23244 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.77 Å2 / Biso mean: 31.4154 Å2 / Biso min: 10.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1622 0 40 157 1819
Biso mean--37.49 38.15 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8032364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5451050
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8501-1.89630.34691630.262614741637100
1.8963-1.94760.27371280.218415071635100
1.9476-2.00490.20991120.17715151627100
2.0049-2.06960.20511400.176415091649100
2.0696-2.14360.21410.168715101651100
2.1436-2.22940.18021400.15881513165399
2.2294-2.33090.18711330.15781496162999
2.3309-2.45380.22191470.15021484163199
2.4538-2.60750.19491410.16051524166599
2.6075-2.80880.18551260.17191524165099
2.8088-3.09140.21931220.16241520164299
3.0914-3.53860.18871470.155915401687100
3.5386-4.45780.16071230.136415871710100
4.4578-47.13530.17771530.170616251778100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3932-2.4166-1.09812.54970.53236.4987-0.0291-0.12350.3382-0.0179-0.06110.1329-0.3663-0.33270.12140.18090.02830.02240.1697-0.08310.25712.9793223.0978218.3611
25.7732-0.4359-0.30984.96560.29213.2551-0.07420.18350.5699-0.36870.080.6228-0.568-0.53040.01490.30990.0809-0.01670.23560.01430.233315.179221.1759206.0777
31.95850.03240.15113.63580.62821.6328-0.004-0.37170.20120.23630.05510.133-0.0935-0.0661-0.04750.12120.01880.01840.2015-0.04020.122121.1599209.6397220.0816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 57 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 99 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 263 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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