PDB-5eku: Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Protein Arginine Methyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eku

タイトル

Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Protein Arginine Methyltransferase PRMT7 in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine

要素

Arginine N-methyltransferase, putative

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-arginine N-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Stavropoulos, P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: A glutamate/aspartate switch controls product specificity in a protein arginine methyltransferase.
著者: Debler, E.W. / Jain, K. / Warmack, R.A. / Feng, Y. / Clarke, S.G. / Blobel, G. / Stavropoulos, P.

履歴

登録	2015年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eku.cif.gz	287.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eku.ent.gz	237 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eku_validation.pdf.gz	935.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eku_full_validation.pdf.gz	946.7 KB	表示
XML形式データ	5eku_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5eku_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5eku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5eku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4m37-1 3wst-17 3wst-11 5hgr-d 22291 6xqo-d 3wst-12 5ojo-d 4utn-d 6o28-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginine N-methyltransferase, putative

B: Arginine N-methyltransferase, putative

ヘテロ分子

88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.618, 157.618, 97.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

Dimer confirmed by gel filtration, multi-angle light scattering

#1: タンパク質	Arginine N-methyltransferase, putative 分子量: 44083.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb427.07.5490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6XJ80
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
Has protein modification	Y
配列の詳細	Uniprot does not contain a reference sequence for this strain. The conflicts are relative to the ...Uniprot does not contain a reference sequence for this strain. The conflicts are relative to the closest entry.

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, magnesium chloride, tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 34602 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.801→45.866 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	3380	9.77 %
R_work	0.2206	-	-
obs	0.2246	34586	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→45.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5512	0	52	0	5564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5695
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	7719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.058	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	855
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1003

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.801-2.841	0.3451	148	0.299	1284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.841-2.8834	0.3544	120	0.316	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8834-2.9284	0.4062	152	0.3232	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9284-2.9764	0.3715	154	0.306	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9764-3.0277	0.3866	132	0.3153	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0277-3.0828	0.3529	147	0.2967	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0828-3.1421	0.334	126	0.3082	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1421-3.2062	0.3991	139	0.2984	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2062-3.2759	0.2772	138	0.2724	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2759-3.3521	0.2832	135	0.2569	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3521-3.4359	0.3024	133	0.24	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4359-3.5287	0.2366	143	0.2235	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5287-3.6325	0.2853	146	0.23	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6325-3.7497	0.2854	129	0.2266	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7497-3.8837	0.2748	134	0.2241	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8837-4.0391	0.2277	152	0.2166	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0391-4.2228	0.2186	147	0.1829	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2228-4.4452	0.2522	142	0.1941	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4452-4.7235	0.2022	154	0.1772	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7235-5.0877	0.2391	117	0.1768	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0877-5.5989	0.224	147	0.2075	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5989-6.4072	0.2816	147	0.22	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4072-8.0653	0.2451	158	0.2141	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0653-45.8718	0.2308	140	0.2007	1386	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1426	-0.5843	0.4731	1.1745	-0.2079	1.435	0.0554	0.1115	-0.0912	-0.178	-0.04	0.0588	0.103	0.1809	-0.0579	0.4887	0.1676	-0.0135	0.6167	-0.0261	0.581	30.6269	86.7315	37.5536
2	0.8202	-0.4123	-0.1838	1.3737	-0.5071	1.3068	-0.0534	0.0236	0.1272	0.1319	0.0943	0.0948	-0.4673	-0.2032	-0.0739	0.6319	0.1837	0.0386	0.6034	-0.0049	0.6288	17.7282	113.2749	44.3725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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