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万見
- PDB-5eki: Crystal Structure of Truncated CCL21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eki
タイトルCrystal Structure of Truncated CCL21
要素C-C motif chemokine 21
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cytokine / Chemokine / Chemotaxis / Inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


mesangial cell-matrix adhesion / dendritic cell dendrite assembly / negative regulation of dendritic cell dendrite assembly / CCR7 chemokine receptor binding / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / establishment of T cell polarity ...mesangial cell-matrix adhesion / dendritic cell dendrite assembly / negative regulation of dendritic cell dendrite assembly / CCR7 chemokine receptor binding / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / establishment of T cell polarity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / chemokine receptor binding / immunological synapse formation / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of pseudopodium assembly / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / ruffle organization / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of cell motility / chemokine activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of actin filament polymerization / monocyte chemotaxis / positive regulation of T cell migration / cellular response to interleukin-1 / release of sequestered calcium ion into cytosol / cell maturation / T cell costimulation / neutrophil chemotaxis / cell chemotaxis / positive regulation of JNK cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lewandowski, E.M. / Smith, E.W. / Chen, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM097381 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA159202-01 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystallographic Structure of Truncated CCL21 and the Putative Sulfotyrosine-Binding Site.
著者: Smith, E.W. / Lewandowski, E.M. / Moussouras, N.A. / Kroeck, K.G. / Volkman, B.F. / Veldkamp, C.T. / Chen, Y.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 21
B: C-C motif chemokine 21
C: C-C motif chemokine 21
D: C-C motif chemokine 21
E: C-C motif chemokine 21
F: C-C motif chemokine 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,66611
ポリマ－53,1866
非ポリマー4805
水3,369187
1
A: C-C motif chemokine 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9602
ポリマ－8,8641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-C motif chemokine 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9602
ポリマ－8,8641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: C-C motif chemokine 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9602
ポリマ－8,8641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: C-C motif chemokine 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8641
ポリマ－8,8641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: C-C motif chemokine 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9602
ポリマ－8,8641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: C-C motif chemokine 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9602
ポリマ－8,8641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.752, 58.244, 66.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 21 / 6Ckine / Beta-chemokine exodus-2 / Secondary lymphoid-tissue chemokine / SLC / Small-inducible cytokine A21


分子量: 8864.284 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL21, SCYA21, UNQ784/PRO1600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00585
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.903→57.24 Å / Num. obs: 34110 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 16.54
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
BALBES位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→57.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 4.433 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26219 1335 4.6 %RANDOM
Rwork0.21023 ---
obs0.21267 27663 84.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å2-0.15 Å2
2--1 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 25 187 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8362.0144781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99838205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2485421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52423.571140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55715688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3361530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0223787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9372.0961702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9362.0951701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1713.1212117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1713.1222118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4252.4151835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4272.4121832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8883.462659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.12124.5793896
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.10324.5583890
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 56 -
Rwork0.241 1206 -
obs--49.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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