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- PDB-5ek8: Crystal structure of a 9R-lipoxygenase from Cyanothece PCC8801 at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ek8
タイトルCrystal structure of a 9R-lipoxygenase from Cyanothece PCC8801 at 2.7 Angstroms
要素Lipoxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron / PLAT domain / lipoxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid metabolic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3330 / Transthyretin-like superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lipoxygenase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Feussner, I. / Ficner, R. / Neumann, P. / Newie, J. / Andreou, A. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
International Research Training Group (IRTG) 1422 ドイツ
Fonds of the Chemical Industry (FCI) ドイツ
Goettingen Graduate School of Neurosciences and Molecular Biology (GGNB) ドイツ
引用ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a lipoxygenase from Cyanothece sp. may reveal novel features for substrate acquisition.
著者: Newie, J. / Andreou, A. / Neumann, P. / Einsle, O. / Feussner, I. / Ficner, R.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6843
ポリマ－76,6051
非ポリマー792
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.166, 121.166, 234.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Lipoxygenase / CspLOX1


分子量: 76605.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 8801) (バクテリア)
遺伝子: PCC8801_2437 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: B7K2Q5
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.14 M KCl and 50 mM HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.91736, 1.03663
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.917361
21.036631
Reflection数: 536648 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Χ2: 0.93 / D res high: 2.8 Å / Num. obs: 47310 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
20301
102092410.026
4.710900610.074
4.44.7222010.087
4.14.4287310.096
3.84.1385010.14
3.53.8529610.213
3.23.5747210.349
3.13.2315510.516
33.1365110.671
2.93411610.939
2.82.9474711.146
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 28717 / Num. obs: 28631 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 50.82 Å2 / Rmerge F obs: 0.19 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.099 / Χ2: 0.972 / Net I/av σ(I): 1.8 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 158532
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRrim(I) all% possible all
2.7-2.84.70.6751.7960740.82499.9
2.8-2.90.5882.1268600.70999.8
2.9-30.4352.4975110.51999.5
3-3.10.2943.6180760.34699.9
3.1-3.410.1965.84292520.22999.8
3.41-3.720.1189.94227460.13899.3
3.72-4.030.07714.65162610.0998.2
4.03-4.340.05221.63124820.0699.7
4.34-4.650.04624.1392960.05499.7
4.65-100.03828.04364680.04499.5
10-200.01756.3335060.0297.8
20-30

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SHELXCD位相決定
autoSHARP位相決定
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→19.763 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1444 5.05 %Random selection
Rwork0.1986 ---
obs0.201 28582 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5403 0 2 51 5456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8237538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9682078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.79630.35641270.27892625X-RAY DIFFRACTION99
2.7963-2.90790.32141590.27212635X-RAY DIFFRACTION100
2.9079-3.03980.29031280.24822692X-RAY DIFFRACTION100
3.0398-3.19940.28331490.2442648X-RAY DIFFRACTION100
3.1994-3.39890.29821520.22652659X-RAY DIFFRACTION100
3.3989-3.65980.29121620.2212671X-RAY DIFFRACTION100
3.6598-4.02530.23961280.20062734X-RAY DIFFRACTION100
4.0253-4.60140.19341580.15352726X-RAY DIFFRACTION100
4.6014-5.77320.2031460.1632786X-RAY DIFFRACTION100
5.7732-19.76310.2211350.17962962X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0940.0610.41215.4725-3.19281.9029-0.22650.2902-0.3123-0.16580.0099-0.22150.25540.0760.08480.5820.02340.00930.6607-0.02390.567756.2212-5.08137.7865
20.3705-0.66980.35394.7547-3.41122.93530.08680.031-0.04570.1438-0.0242-0.117-0.19670.2029-0.11040.8573-0.002-0.07710.7186-0.01390.583558.189522.868338.0998
31.13490.3967-0.03491.22080.06750.9495-0.18390.21990.41040.0920.0758-0.0132-0.57460.47780.09280.7328-0.2439-0.08540.65540.03120.570562.80736.471519.5255
40.71530.6220.04021.1092-0.02191.1658-0.0343-0.06640.07090.09140.02240.0618-0.014-0.05080.00710.28380.02960.0070.33680.020.319132.91887.595121.6707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:22)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 23:42)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 43:165)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 166:847)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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