PDB-5ek5: STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF IRMA FROM ESCHERICHIA COLI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ek5

タイトル

STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF IRMA FROM ESCHERICHIA COLI

要素

IRMA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / FIBRONECTIN FOLD / VIRULENCE / SECRETED PROTEIN

機能・相同性

Interleukin receptor mimic protein A / interleukin receptor mimic protein A / FORMIC ACID / Aec69 / IrmA family protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli CFT073 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Heras, B. / Moriel, D.G. / Paxman, J.J. / Schembri, M.A.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: Molecular and Structural Characterization of a Novel Escherichia coli Interleukin Receptor Mimic Protein.
著者: Moriel, D.G. / Heras, B. / Paxman, J.J. / Lo, A.W. / Tan, L. / Sullivan, M.J. / Dando, S.J. / Beatson, S.A. / Ulett, G.C. / Schembri, M.A.

履歴

登録	2015年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ek5.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ek5.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ek5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ejq-d 3qwn-1 3gr1-5 3qwn-2 2y7s-2 4tmf-1 3a7g-1 3dzj-2 3k93-d 4rv0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IRMA

B: IRMA

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.999, 93.999, 93.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CL
2	1	B-201- NA

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	IRMA 分子量: 14369.842 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 株: CFT073 遺伝子: ACM20_11530, HUS2011_3591, SK67_04736, SK69_02333, SK70_03200, SK71_02973, SK75_00406, SK76_00877, SK83_00395, SK84_04099, SK86_02365, SY51_17055 プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q6KD75, UniProt: A0A0H2VAX3*PLUS

#1: タンパク質

IRMA

分子量: 14369.842 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 株: CFT073
遺伝子: ACM20_11530, HUS2011_3591, SK67_04736, SK69_02333, SK70_03200, SK71_02973, SK75_00406, SK76_00877, SK83_00395, SK84_04099, SK86_02365, SY51_17055
プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q6KD75, UniProt: A0A0H2VAX3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 120分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 9.0 AND 2% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 2000, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 294K PH範囲: 9

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT	1	1.5418
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX2		2	0.9686

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU SATURN 944	1	CCD	2012年7月17日	MIRRORS
ADSC QUANTUM 210r	2	CCD	2012年8月24日	MIRRORS

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.9686	1

反射

解像度: 2.26→47 Å / Num. obs: 13278 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 37.1

反射シェル

解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 21.2 % / R_merge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1760	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.26→47 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	1873	14.13 %	Random selection
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.222	13251	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1864	0	9	116	1989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	2584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.195	694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.3197	0.3643	156	0.3215	820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3197-2.388	0.3071	127	0.2773	896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.465	0.3116	160	0.27	826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.465-2.5531	0.3184	148	0.2626	874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5531-2.6554	0.2913	123	0.2507	878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6554-2.7762	0.3073	141	0.2761	873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7762-2.9225	0.3207	140	0.2553	871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9225-3.1056	0.3208	141	0.2426	874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1056-3.3453	0.2832	153	0.2313	868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3453-3.6819	0.2546	130	0.2059	889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6819-4.2144	0.218	151	0.1747	877	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2144-5.3085	0.1924	124	0.1503	926	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3085-47.0097	0.2438	179	0.2206	906	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4322	3.01	0.7273	5.977	-1.1313	7.1938	-0.2075	-0.6912	0.238	0.5109	0.0994	0.0869	-0.2756	0.3807	0.1342	0.327	-0.0745	0.0087	0.2405	0.0073	0.1047	31.7722	-2.7508	9.9593
2	6.752	1.6251	-2.6618	3.603	-0.2007	2.4274	-0.2031	0.3326	0.0025	0.1156	0.0956	0.5133	0.3818	-0.4186	0.1439	0.336	-0.0588	0.0174	0.4153	0.0033	0.235	19.6229	-8.2818	5.7384
3	2.0282	-2.1228	2.0264	7.4875	0.2471	6.8554	0.1845	0.0857	0.3401	-0.1864	0.0144	0.047	0.4702	0.1105	-0.0196	0.303	-0.0879	0.0351	0.2218	0.0572	0.2087	35.961	-1.1493	6.7788
4	9.7188	-7.6369	-0.9885	5.9983	0.7778	0.1011	0.6074	1.3118	-0.4759	-1.2042	-0.7324	0.0888	-0.1346	-0.4608	0.1596	0.4686	-0.1139	-0.1085	0.7864	0.0956	0.6366	13.2599	-0.4973	9.1716
5	3.6596	-1.9773	-3.7658	2.1287	2.3746	6.4999	-0.1792	0.0543	-0.2927	0.1574	0.1143	-0.0415	0.7733	-0.2148	0.154	0.3864	-0.0659	-0.0087	0.2451	0.0318	0.2946	29.8973	-9.8466	10.1524
6	7.3049	1.2208	-2.5755	2.0997	-1.7595	6.9575	-0.2955	-0.1354	0.1879	0.0157	0.0311	0.0378	0.2499	0.9676	0.1931	0.4007	0.0291	-0.0196	0.5637	-0.0119	0.2217	29.5172	-1.5706	30.682
7	5.9829	-8.8614	-5.356	1.9899	7.9341	4.7915	1.4876	-1.6118	1.3741	-1.3437	-0.2933	-1.2375	-1.8946	0.693	-1.1609	0.3122	-0.2714	0.1414	1.2987	-0.3074	0.7756	43.8923	8.1658	27.3985
8	2.3281	0.345	-1.8947	3.8875	0.0657	4.1922	0.0225	-0.5668	0.3466	0.5233	-0.1669	0.1467	-0.9128	0.4699	0.1292	0.5145	-0.0371	-0.0286	0.4341	-0.085	0.2687	21.9381	5.6333	36.0015
9	3.7695	0.9171	-0.0046	8.1428	-0.9812	6.957	-0.1081	-0.6479	-0.3595	0.2716	0.0931	-1.0567	-0.2558	1.7272	0.1592	0.5115	0.0358	-0.0471	0.7969	0.0572	0.4528	37.6552	-0.131	31.9048
10	2.875	-1.1807	-0.282	6.6379	2.8437	7.1143	-0.1892	-0.3645	0.6435	0.2171	0.3536	-0.548	-1.053	0.5424	-0.1287	0.4007	-0.0857	-0.0326	0.443	0.0179	0.3831	28.857	5.9502	29.4509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 8 through 33 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 34 through 43 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 44 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 85 through 127 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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