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- PDB-5ek0: Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ek0
タイトルHuman Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936.
要素Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane protein / ion channel / voltage-gated sodium channel / small molecule antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / behavioral response to pain / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain ...action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / behavioral response to pain / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neuronal action potential / axon terminus / sensory perception of pain / sodium ion transmembrane transport / post-embryonic development / response to toxic substance / circadian rhythm / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / inflammatory response / axon / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 ...Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5P2 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein / Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Ahuja, S. / Mukund, S. / Starovasnik, M.A. / Koth, C.M. / Payandeh, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural basis of Nav1.7 inhibition by an isoform-selective small-molecule antagonist.
著者: Ahuja, S. / Mukund, S. / Deng, L. / Khakh, K. / Chang, E. / Ho, H. / Shriver, S. / Young, C. / Lin, S. / Johnson, J.P. / Wu, P. / Li, J. / Coons, M. / Tam, C. / Brillantes, B. / Sampang, H. / ...著者: Ahuja, S. / Mukund, S. / Deng, L. / Khakh, K. / Chang, E. / Ho, H. / Shriver, S. / Young, C. / Lin, S. / Johnson, J.P. / Wu, P. / Li, J. / Coons, M. / Tam, C. / Brillantes, B. / Sampang, H. / Mortara, K. / Bowman, K.K. / Clark, K.R. / Estevez, A. / Xie, Z. / Verschoof, H. / Grimwood, M. / Dehnhardt, C. / Andrez, J.C. / Focken, T. / Sutherlin, D.P. / Safina, B.S. / Starovasnik, M.A. / Ortwine, D.F. / Franke, Y. / Cohen, C.J. / Hackos, D.H. / Koth, C.M. / Payandeh, J.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha
B: Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha
C: Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha
D: Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,03229
ポリマ－138,4724
非ポリマー16,56025
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27610 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area48390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.420, 188.830, 171.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha / euroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / Sodium channel protein ...euroendocrine sodium channel / hNE-Na / Peripheral sodium channel 1 / PN1 / Sodium channel protein type IX subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.7


分子量: 34618.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arcobacter butzleri, Homo sapiens / 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752, SCN9A, NENA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5, UniProt: Q15858
#2: 化合物...
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-5P2 / 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide / GX-936


分子量: 575.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20F3N7O3S2
配列の詳細This construct is a chimera between the bacterial NavAb channel (A8EVM5) and human Nav1.7 (Q1585-3).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 2.2 ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: data from 2 single crystals merged
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.53→26.59 Å / Num. obs: 33851 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 96.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.53→3.95 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy


解像度: 3.53→26.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8358 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.842 / SU Rfree Blow DPI: 0.466
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2719 1714 5.06 %RANDOM
Rwork0.2427 ---
obs0.2442 33851 99.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 106.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--42.2998 Å20 Å20 Å2
2--47.9394 Å20 Å2
3----5.6396 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.871 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.53→26.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8082 0 489 0 8571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018780HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.111913HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3036SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1211HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8780HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1150SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11147SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.53→3.64 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 148 5.2 %
Rwork0.2473 2697 -
all0.2479 2845 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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