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- PDB-5ejm: ThDP-Mn2+ complex of R413A variant of EcMenD soaked with 2-ketogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejm
タイトルThDP-Mn2+ complex of R413A variant of EcMenD soaked with 2-ketoglutarate for 35 min
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Post-decarboxylation intermediate of R413A variant of EcMenD
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-TD5 / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Song, H.G. / Dong, C. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Guo, Z.H.
引用ジャーナル: Biochem. J. / : 2018
タイトル: Two active site arginines are critical determinants of substrate binding and catalysis in MenD, a thiamine-dependent enzyme in menaquinone biosynthesis.
著者: Qin, M.M. / Song, H.G. / Dai, X. / Chen, Y.Z. / Guo, Z.H.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,67340
ポリマ-490,7818
非ポリマー5,89232
83,7704650
1
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,16810
ポリマ-122,6952
非ポリマー1,4738
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37830 Å2
手法PISA
2
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,16810
ポリマ-122,6952
非ポリマー1,4738
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37650 Å2
手法PISA
3
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,16810
ポリマ-122,6952
非ポリマー1,4738
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37800 Å2
手法PISA
4
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,16810
ポリマ-122,6952
非ポリマー1,4738
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area37880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.660, 90.670, 169.370
Angle α, β, γ (deg.)76.07, 83.29, 64.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / ThDP-dependent enzyme MenD / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 61347.664 Da / 分子数: 8 / 変異: R413A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / : K12 substr. MG1655 / 遺伝子: menD, b2264, JW5374 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase

-
非ポリマー , 5種, 4682分子

#2: 化合物
ChemComp-TD5 / (4~{R})-4-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-1,3-thiazol-3-ium-2-yl]-4-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 527.403 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C16H25N4O10P2S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4650 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.16 M magnesium formate, 1% tascimate pH 7.0, 0.02 M HEPES pH 7.0, 14% PEG 3350 and 2% PEG MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→31.48 Å / Num. obs: 482851 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.72→31.476 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 24073 4.99 %
Rwork0.1639 --
obs0.1653 482814 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→31.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34460 0 352 4650 39462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00736313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07649664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.78613129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.717-1.73650.26387440.225214462X-RAY DIFFRACTION90
1.7365-1.75690.24958110.216115136X-RAY DIFFRACTION95
1.7569-1.77840.24277730.208415314X-RAY DIFFRACTION95
1.7784-1.80090.24887970.208115102X-RAY DIFFRACTION95
1.8009-1.82460.2439020.197615173X-RAY DIFFRACTION96
1.8246-1.84960.21858670.189115288X-RAY DIFFRACTION96
1.8496-1.8760.24398130.193315051X-RAY DIFFRACTION96
1.876-1.9040.22558060.184415310X-RAY DIFFRACTION96
1.904-1.93370.21098410.177215301X-RAY DIFFRACTION96
1.9337-1.96540.21068130.173815295X-RAY DIFFRACTION96
1.9654-1.99930.21578310.177615194X-RAY DIFFRACTION96
1.9993-2.03570.20748430.173815235X-RAY DIFFRACTION96
2.0357-2.07480.20088240.165715403X-RAY DIFFRACTION96
2.0748-2.11720.21547780.17115353X-RAY DIFFRACTION96
2.1172-2.16320.21237990.165515424X-RAY DIFFRACTION96
2.1632-2.21350.20637620.167215345X-RAY DIFFRACTION96
2.2135-2.26880.19878330.165615330X-RAY DIFFRACTION96
2.2688-2.33020.20287840.164815376X-RAY DIFFRACTION96
2.3302-2.39870.19858360.161615409X-RAY DIFFRACTION97
2.3987-2.47610.20768230.166615340X-RAY DIFFRACTION97
2.4761-2.56450.19267510.163815487X-RAY DIFFRACTION97
2.5645-2.66720.20487290.165915541X-RAY DIFFRACTION97
2.6672-2.78850.20847490.169915408X-RAY DIFFRACTION97
2.7885-2.93540.18517620.16515574X-RAY DIFFRACTION97
2.9354-3.11920.17377420.159315530X-RAY DIFFRACTION97
3.1192-3.35980.1877920.159915428X-RAY DIFFRACTION97
3.3598-3.69740.17017520.153515306X-RAY DIFFRACTION96
3.6974-4.23130.15898110.145215004X-RAY DIFFRACTION94
4.2313-5.32680.16469000.143514859X-RAY DIFFRACTION94
5.3268-31.48120.17058050.155915763X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1891-0.2236-0.05070.45910.13010.36950.02880.0029-0.0114-0.017-0.01850.07550.0112-0.0564-0.00850.1466-0.0279-0.00640.068-0.00860.1277-44.36871.0063-23.1258
20.66230.126-0.20640.2294-0.01820.12530.0292-0.02280.1386-0.014-0.0183-0.0297-0.08580.01410.00040.1711-0.0183-0.02630.0889-0.0110.1557-32.205621.2131-26.4936
30.2103-0.09590.0420.88410.41780.56190.00520.03850.0465-0.0260.0019-0.1609-0.01680.10560.00660.1362-0.0290.0210.11570.00640.1669-7.85712.879-34.1807
40.25620.0207-0.09810.3740.04610.4040.00640.0258-0.00970.0184-0.0058-0.06130.0720.0663-0.00350.16940.00540.02040.1042-0.01390.1321-16.7762-8.7568-39.6812
50.3447-0.1120.10740.35460.01080.6052-0.0013-0.0112-0.00240.0160.0115-0.05910.0640.0634-0.00650.1719-0.0084-0.01380.0743-0.00470.1348-17.9884-13.3798-10.1801
60.75130.1143-0.18250.1118-0.12870.1777-0.0594-0.078-0.23570.09570.0113-0.04690.13020.0089-0.00070.2739-0.0093-0.01160.13-0.01170.2104-26.4124-24.21347.1906
70.24520.1065-0.04390.68620.20780.69630.0094-0.029-0.01910.04150.0020.07790.0509-0.0684-0.00530.2147-0.05220.00730.10430.00830.1867-53.4696-29.9619-4.244
80.32380.1133-0.01220.28250.05030.2285-0.00640.0146-0.0527-0.03660.01880.03310.0865-0.0603-0.01250.2304-0.0445-0.01340.093-0.00850.1795-44.6173-32.8293-23.0271
90.35710.3083-0.03030.4229-0.10840.2964-0.01970.0193-0.0052-0.11730.02770.01690.0544-0.04070.00240.2507-0.0432-0.02830.1095-0.02340.144-41.7527-27.7727-33.8188
100.30420.20270.01870.53960.07260.60990.0237-0.0409-0.03560.09580.0030.070.0032-0.0515-0.02960.2088-0.02460.02490.10590.00480.1542-48.81372.32557.9078
111.6501-0.47390.44620.5721-0.07660.4452-0.0856-0.1049-0.11530.25130.07220.06310.1099-0.0291-0.01980.3227-0.04210.01810.15090.02650.1897-44.2207-19.069911.8106
120.0457-0.125-0.17640.49360.56980.7415-0.1119-0.1876-0.03550.42980.1336-0.20790.22210.1618-0.0140.40840.0593-0.09670.2330.00370.2042-18.0022-12.17828.7199
130.2292-0.19090.25070.78580.08110.6515-0.0162-0.1684-0.01860.25570.0648-0.1240.00260.1085-0.03920.40280.0081-0.05990.2194-0.01580.1757-26.789110.405131.86
140.4702-0.0547-0.15480.43180.07580.4476-0.0074-0.04760.0060.07220.0114-0.0937-0.01270.0623-0.00090.1919-0.0319-0.02360.103-0.00870.1631-19.121514.86713.218
151.8088-0.62530.67460.2122-0.19010.5226-0.0640.09850.11690.0246-0.0037-0.1094-0.16690.1047-0.00970.2073-0.0556-0.01940.09990.00130.2012-21.643526.1619-15.9845
160.3001-0.1403-0.12540.40560.35450.9158-0.02320.00090.00110.0207-0.02740.0636-0.152-0.09610.03930.210.003-0.00540.0782-0.01720.1431-50.953535.9162-7.9417
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190.3923-0.2111-0.06520.38140.08580.3254-0.01390.0188-0.0190.02280.04710.01230.038-0.0597-0.03070.05940.00390.00830.15690.00710.1176-50.389910.8393-68.1631
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230.3203-0.13110.03370.2953-0.08650.6030.0110.04650.07330.0026-0.0045-0.036-0.0647-0.0332-0.00720.08750.02510.00260.17150.01340.1426-52.011940.8114-81.111
240.57350.61090.15560.72590.01470.1987-0.03510.0830.095-0.11820.02380.1273-0.0632-0.1159-0.02830.13870.03560.00830.25690.04290.212-65.478637.7663-98.5736
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280.33590.0097-0.05240.31010.09910.4691-0.00990.07460.1133-0.04020.0089-0.0565-0.03740.04890.00280.0830.00460.01410.20680.03190.1602-26.926627.6032-94.4923
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310.3507-0.10190.010.5329-0.06830.42620.01960.1096-0.0319-0.1137-0.0316-0.03230.10060.03110.02180.14550.04830.0160.2321-0.00420.1445-23.6275-3.3271-106.8717
320.5389-0.0366-0.01690.2461-0.01620.58920.040.0745-0.0332-0.0417-0.01640.0380.0435-0.0405-0.01960.08750.0136-0.00710.21220.00830.1338-50.98176.0994-99.273
330.25330.14450.04791.4369-0.3480.34020.05540.12270.04-0.1659-0.03430.2185-0.017-0.1787-0.00920.13230.03740.00570.34770.02560.2075-68.424819.2638-103.1451
340.5084-0.1588-0.1830.53350.19890.96960.08770.23190.1704-0.2099-0.0498-0.0131-0.1555-0.135-0.00830.19380.06250.0120.31130.09670.1936-54.005141.7164-116.3183
350.8055-0.0878-0.24620.2527-0.03410.5450.11660.18480.2365-0.2989-0.04040.0124-0.161-0.0234-0.0390.31680.0550.04670.39910.14510.2516-40.35834.9978-133.0992
360.6325-0.2160.05730.3742-0.20790.56420.06980.17110.1189-0.1654-0.0614-0.0696-0.05990.0425-0.02170.20030.04070.04370.33460.06970.1618-34.384122.5349-123.217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 182 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 183 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 384 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 385 through 556 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 183 through 219 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 220 through 347 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 348 through 447 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 448 through 556 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 182 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 183 through 219 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 220 through 384 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 385 through 556 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 182 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 183 through 219 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 220 through 384 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 385 through 513 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 514 through 556 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 1 through 182 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 183 through 219 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 220 through 384 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 385 through 556 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 1 through 182 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 183 through 219 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 220 through 363 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 364 through 468 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 469 through 556 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 1 through 182 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 183 through 219 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 220 through 384 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 385 through 556 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 1 through 182 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 183 through 219 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 220 through 347 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 348 through 384 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 385 through 556 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る