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- PDB-5z2u: ThDP-Mn2+ complex of R395A variant of EcMenD soaked with 2-ketogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2u
タイトルThDP-Mn2+ complex of R395A variant of EcMenD soaked with 2-ketoglutarate for 5 min
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードTRANSFERASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-TD6 / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Qin, M.M. / Guo, Z.H.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号
香港
引用ジャーナル: Biochem. J. / : 2018
タイトル: Two active site arginines are critical determinants of substrate binding and catalysis in MenD: a thiamine-dependent enzyme in menaquinone biosynthesis.
著者: Qin, M.M. / Song, H.G. / Dai, X. / Chen, Y.Z. / Guo, Z.H.
履歴
登録2018年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02021年8月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,07640
ポリマ-490,7818
非ポリマー5,29432
59,1253282
1
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,96618
ポリマ-245,3914
非ポリマー2,57514
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23160 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area67720 Å2
手法PISA
2
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,11022
ポリマ-245,3914
非ポリマー2,71918
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24580 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area67570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.670, 90.700, 169.070
Angle α, β, γ (deg.)83.260, 75.960, 64.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
21(CHAIN B AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
31(CHAIN C AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
41(CHAIN D AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
51(CHAIN E AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
61(CHAIN F AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
71(CHAIN G AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...
81(CHAIN H AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(CHAIN A AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...A0
211(CHAIN B AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...B0
311(CHAIN C AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...C0
411(CHAIN D AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...D0
511(CHAIN E AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...E0
611(CHAIN F AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...F0
711(CHAIN G AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...G0
811(CHAIN H AND (RESSEQ 2:5 OR (RESID 6 AND (NAME...H0

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 61347.664 Da / 分子数: 8 / 変異: R395A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
: K12 / 遺伝子: menD, b2264, JW5374 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase

-
非ポリマー , 7種, 3314分子

#2: 化合物
ChemComp-TD6 / (4S)-4-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3lambda~5~-thiazol-2-yl}-4-hydroxybutanoic acid


分子量: 527.403 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C16H25N4O10P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / : C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C12H19N4O7P2S
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3282 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0; 11.2% PEG 3350; 0.16M Mg formate; 0.1M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→37.27 Å / Num. obs: 177286 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 346161
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Num. measured all: 17574 / Num. unique obs: 8973 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EJ8
解像度: 2.35→37.28 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 17.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1995 1.13 %
Rwork0.164 175283 -
obs0.165 177278 90.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.34 Å2 / Biso mean: 16.59 Å2 / Biso min: 1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→37.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34202 0 339 3282 37823
Biso mean--15.03 22.94 -
残基数----4448
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
15E19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
16F19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
17G19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
18H19631X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.40880.26651360.188128061294292
2.4088-2.47390.24131550.1734127491290492
2.4739-2.54670.17351520.1637127421289492
2.5467-2.62880.24331320.1706127831291592
2.6288-2.72280.23681420.1749127101285292
2.7228-2.83170.23261480.1796128381298692
2.8317-2.96060.21911390.1695125651270491
2.9606-3.11660.19991450.1685126171276291
3.1166-3.31170.19181440.1665124661261091
3.3117-3.56730.2091440.1644124211256590
3.5673-3.92590.18631470.1546124771262490
3.9259-4.49310.18561320.1454117621189485
4.4931-5.65770.16621240.1508107791090378
5.6577-37.27920.16641550.164135681372398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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