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Yorodumi- PDB-5ejm: ThDP-Mn2+ complex of R413A variant of EcMenD soaked with 2-ketogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ejm | ||||||
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Title | ThDP-Mn2+ complex of R413A variant of EcMenD soaked with 2-ketoglutarate for 35 min | ||||||
Components | 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Post-decarboxylation intermediate of R413A variant of EcMenD | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli K12 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.72 Å | ||||||
Authors | Song, H.G. / Dong, C. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Guo, Z.H. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. J. / Year: 2018 Title: Two active site arginines are critical determinants of substrate binding and catalysis in MenD, a thiamine-dependent enzyme in menaquinone biosynthesis. Authors: Qin, M.M. / Song, H.G. / Dai, X. / Chen, Y.Z. / Guo, Z.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ejm.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ejm.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ejm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 61347.664 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: R413A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K12 (bacteria) / Strain: K12 substr. MG1655 / Gene: menD, b2264, JW5374 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 4682 molecules
#2: Chemical | ChemComp-TD5 / ( #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.16 M magnesium formate, 1% tascimate pH 7.0, 0.02 M HEPES pH 7.0, 14% PEG 3350 and 2% PEG MME 5000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→31.48 Å / Num. obs: 482851 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.75 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.72→31.476 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→31.476 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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