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- PDB-5ej0: The vaccinia virus H3 envelope protein, a major target of neutral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ej0
タイトルThe vaccinia virus H3 envelope protein, a major target of neutralizing antibodies, exhibits a glycosyltransferase fold and binds UDP-Glucose
要素Envelope protein H3
キーワードVIRAL PROTEIN / H3 / vaccinia virus / poxvirus / glycosyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Poxvirus P35 / Poxvirus P35 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-ETHANETHIOL / ETHANOL / METHANOL / 1,3-PROPANDIOL / N-PROPANOL / Envelope protein H3
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Singh, K. / Gittis, A.G. / Gitti, R.K. / Ostazesky, S.A. / Su, H.P. / Garboczi, D.N.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: The Vaccinia Virus H3 Envelope Protein, a Major Target of Neutralizing Antibodies, Exhibits a Glycosyltransferase Fold and Binds UDP-Glucose.
著者: Singh, K. / Gittis, A.G. / Gitti, R.K. / Ostazeski, S.A. / Su, H.P. / Garboczi, D.N.
履歴
登録2015年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,10626
ポリマ－27,4861
非ポリマー1,61925
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.360, 54.790, 111.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Envelope protein H3 / Ag35 / Virion envelope protein p35


分子量: 27486.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR101, H3L / プラスミド: pNAN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07240

-
非ポリマー , 10種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-DHL / 2-AMINO-ETHANETHIOL / 2,3-DESHYDROLANTHIONINE / システアミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 77.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NS
#3: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#9: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE SEQUENCE IN THE UNPROT ENTRY P07240 IS INCORRECT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100 mM citric acid, 10-20% PEG 6000, 5% 1,3-propanediol and mixture of low molecular mass alcohols

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.22 Å / Num. obs: 21213 / % possible obs: 99.81 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.79 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.216 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1668 7.86 %
Rwork0.1973 19545 -
obs0.2007 21213 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.01 Å2 / Biso mean: 33.3324 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→49.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1644 0 105 91 1840
Biso mean--41.1 38.37 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0892340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.369611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.9560.31161560.287115901746100
1.956-2.01910.32771530.260815851738100
2.0191-2.09130.29541250.222316021727100
2.0913-2.1750.25541270.215116011728100
2.175-2.2740.22851490.201515911740100
2.274-2.39390.22291220.19416541776100
2.3939-2.54390.24921150.196516241739100
2.5439-2.74030.22921390.209916361775100
2.7403-3.0160.24061390.201816321771100
3.016-3.45240.26781490.18716211770100
3.4524-4.34920.20121430.165516601803100
4.3492-49.23210.22741510.19841749190099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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